Mặc dù tỉ lệ hợp tác giữa Gates-Allen được thỏa thuận ban đầu là
50/50, sau đó Gates đã đề nghị tỉ lệ chia phần mới là 60/40
nghiêng về phía anh. Gates cho rằng như vậy là công bằng vì
ngoài công việc từ các hợp đồng phụ, Allen còn được hưởng tiền
lương từ MITS. Như một nhân viên của Microsoft, Gates làm việc chỉ
trông vào tiền bản quyền. Và rồi qua nhiều năm, Gates đã bán
dần cổ phần của mình và chỉ còn sở hữu khoảng 22% cổ phần
công ty.
Trong những năm mới thành lập, cách quản lý của Microsoft
không được chặt chẽ. Cả Gates và Allen cùng làm tất cả mọi việc, mỗi
việc một ít. Tuy nhiên, nhìn chung thì Allen tập trung vào công nghệ
mới và sản phẩm trong khi Gates thường dành sự quan tâm cho công
việc làm ăn mới, các cuộc đàm phán và các hợp đồng kinh tế. Trong
vòng 18 tháng, họ đã kiếm được cho công ty mới của mình hàng
