phong trào dân tộc chủ nghĩa nhưng khi ông nghe được tuyên ngôn của
Sukarno, ông thề sẽ bảo vệ nền cộng hòa. Ông tập hợp những binh sĩ quân đội
khác trong đơn vị phòng thủ mà sau đó thu hút được nhiều người khác thành lập
lực lượng quân đội quốc gia mới. Các đơn vị của Suharto được cần đến. Người
Hà Lan phớt lờ tuyên bố độc lập của Sukarno, quay trở lại tái giành giật thuộc
địa của mình. Quân đội quốc gia Indonesia và các lực lượng quân sự Hà Lan
thỉnh thoảng lại đánh nhau cho đến tận tháng 12/1949, khi người Hà Lan, dưới
sức ép của Washington, buộc phải rút lui và công nhận nền độc lập của
Indonesia.
Suharto đã lập nhiều thành tích chiến đấu trong suốt thời gian xảy
ra xung đột, leo lên nhiều cấp bậc cao trong quân đội và tiếp tục đà này hết thập
niên 1950. Đến năm 1965, ông là một trong những tướng lĩnh cao cấp nhất
trong quân đội Indonesia.
Chất xúc tác đẩy Suharto chuyển sang quyền lực chính trị xảy ra trong khi
ông đang ngủ. Qua vài năm, một cuộc tranh giành quyền ảnh hưởng chính trị
trong nội bộ chế độ của Sukarno đã sôi lên giữa một bên là quân đội và một bên
là Đảng Cộng sản Indonesia đang mở mang thanh thế. Đêm ngày 30/9/1965,
cuộc diễn tập quân sự bùng nổ thành một cuộc chiến công khai. Các sĩ quan
khuynh tả cấp thấp đã ra lệnh mở một cuộc tấn công bí mật nhằm vào những
tướng lĩnh cấp cao của quân đội và hành quyết 6 viên chỉ huy của mình. Cùng
lúc đó, quân đội tuyên bố kiểm soát nhiều mục tiêu chủ chốt của Jakarta. Bị
đánh thức khỏi giường vào lúc 4h30 sáng bởi một bản tin trên truyền hình đưa
tin có nhiều tiếng súng nổ trong trung tâm thành phố, Suharto mặc quân phục
vào và lái chiếc xe jeep Toyota của mình tới bộ chỉ huy. Vốn đã biết rõ giới lãnh
đạo cuộc nổi dậy, những người tự gọi mình là Phong trào 30/9, Suharto nghi
ngờ họ là một nhóm nằm trong mạng lưới của lực lượng Đảng Cộng sản
Indonesia âm mưu giành quyền kiểm soát quốc gia. Ông nói trong một cuộc họp
với các tướng lĩnh quân đội: “Nếu chúng ta không đánh chúng thì cách nào
chúng ta cũng sẽ chết vô ích.”
Với nhiều nhóm quân trung thành trong tay,
Suharto phát động nhiều cuộc tấn công giành lại được các trung tâm thông tin
liên lạc quốc gia và phá hủy trụ sở chỉ huy của lực lượng nổi dậy gần một căn
cứ không quân không xa. Sáng hôm sau, Phong trào 30/9 tan rã, để lại cho
Suharto quyền chỉ huy thủ đô. Dù vai trò chính xác của Đảng Cộng sản trong
cuộc đảo chính bất thành chưa bao giờ được xác thực là có hay không nhưng
