quân đội và lực lượng dân sự ủng hộ quân đội, dưới sự khuyến khích của
Suharto, đã chuyển sang tấn công Đảng Cộng sản một cách điên cuồng và bạo
lực. Hơn vài tháng sau, ước tính có 500.000 người tình nghi theo cánh tả bị giết
hại trong một cuộc thảm sát mà CIA gọi là “một trong những tội ác thảm sát
hàng loạt tàn bạo nhất của thế kỷ 20”.
Về sau Suharto viết: “Tôi nhận thấy
nhiệm vụ đầu tiên của mình là tiêu diệt” phe cánh tả “để đập tan sự phản kháng
của chúng ở khắp mọi nơi”.
Sự tập trung tiêu diệt phe cánh tả đã làm cho Suharto bị suy yếu nghiêm trọng
và gây ra một cuộc chiến tranh giành quyền lực tay đôi giữa Tổng thống
Sukarno và Suharto. Suharto thận trọng hành động chống lại vị tổng thống còn
đang được nhiều người yêu mến khi đó. Trong một cuộc họp, Sukarno hỏi
Suharto: “Chính xác là anh sắp sửa làm gì với tôi?” Suharto cung kính trả lời:
“Tôi được dạy… là phải tôn kính những người mà chúng tôi quý trọng.”
Tháng 1/1966, trong khi Sukarno đang nỗ lực chặn đứng tình trạng suy yếu kinh
tế nhanh chóng thì nhiều cuộc biểu tình lớn của sinh viên nổ ra, đòi hỏi chế độ
Sukarno phải có nhiều sự thay đổi mạnh mẽ. Ngày 11/3, quân đội quyết định
hành động. Sinh viên bao vây dinh tổng thống trong khi Sukarno đang mang
dép lê, điềm tĩnh chủ trì một cuộc họp nội các. Ông nhận được một mẩu giấy
báo. Nội dung giấy báo cho biết dinh tổng thống không những đang bị sinh viên
mà còn cả binh lính bao vây. Trong tâm trạng gần như hốt hoảng, Sukarno đã rời
buổi họp nội các và chạy trốn bằng một chiếc trực thăng đến một dinh thự tổng
thống khác của mình ở thị trấn miền núi Bogor thuộc phía nam Jakarta.
Cùng ngày hôm đó, có ba vị tướng đón một chiếc trực thăng đến Bogor để
gặp Sukarno. Họ cầu nguyện suốt đường đi. Trước đó, họ vừa mới đến thăm
Suharto đang nằm tĩnh dưỡng tại nhà trong suốt thời gian diễn ra những sự kiện
chấn động vì bị cúm nặng. Suharto yêu cầu ba vị tướng chuyển “lời hỏi thăm tốt
đẹp” của ông đến Sukarno và “truyền đạt thông điệp nếu ông ấy tin tưởng vào
tôi thì tôi sẽ xử lý được tình hình”.
Khi các tướng lĩnh gặp Sukarno, ông chỉ
trích họ đã để cho các cuộc biểu tình tiếp tục diễn ra rồi hỏi họ có thể làm được
điều gì. Sau một hồi ngượng ngịu im lặng, một trong ba vị tướng là Amir
Machmud lên tiếng nói Sukarno nên “rõ ràng nhượng bộ” và cùng với Suharto
điều hành đất nước. Họ soạn ra một dự thảo chỉ thị trao cho Suharto quyền khôi
