Năm Mậu Thân lấy lại được Gia Định, Toản đến yết kiến vua, được thăng
Phó vệ úy vệ Hữu ban trực, rồi chuyển Phó vệ úy vệ Tiền ban trực, theo Võ
Tánh giải vây Bình Thuận, thăng Chánh vệ úy đổi bổ Vệ úy vệ Tuyển
phong hữu. Năm Quý Sửu theo đi đánh Quy Nhơn, quân đến Lại Dương,
được thắng trận lớn rồi về. Năm sau theo đi đánh giặc ở núi Tam Toà (thuộc
Bình Định) lấy được đất đến Quảng Ngãi, năm Đinh Tỵ thăng Chánh quản
trung đồn, theo đi phá giặc ở cửa biển Thi Nại, tiến quân đến Đà Nẵng, Hà
Thân (thuộc Quảng Nam), đánh đuổi quân giặc rồi về.
Năm Mậu Ngọ, thăng Phó quản tả đồn coi vận chở thuyền lương đến Diên
Khánh. Năm sau theo đi đánh được Quy Nhơn, Toản tiến quân đóng ở Đạm
Thủy, Sa Lung ngăn chặn quân giặc.
Năm Canh Thân bổ Phó quản doanh Tả thủy, rồi thăng Đô thống chế Hậu
doanh, coi năm vệ Ban trực tả, Tuyển phong hậu, Quảng phủ, Cường uy và
Tráng vũ, theo trung quân đi đánh giặc, tiến quân đánh phá ở Sơn Trà, lại
đánh được quân giặc ở sông Lô Chử, đuổi đến núi Phú Quý lại phá được,
tiến quân đến Phú Trung chống nhau với giặc. Mùa hạ năm ấy đại binh tiến
đánh Phú Xuân, Toản ở lại Bình Định, theo Nguyễn Văn Thành điều khiển,
rồi đem quân đến Phú Yên đánh đuổi tướng giặc là Phạm Văn Điểm. Năm
Nhâm Tuất giặc đánh Kỳ Sơn, viện binh của Toản không tới kị quân ta bị
thua, phải giáng xuống Phó đô thống chế. Giặc cướp Phú Yên, Toản lại đến
đánh đuổi quân giặc, lại đánh nhau to với giặc ở Kỳ Sơn, tướng giặc là bọn
Trần Quang Diệu bèn bỏ thành chạy trốn, thành Quy Nhơn dẹp yên dược
hết, cùng với Trần Công Lại đem binh thuyền về Gia Định đón Từ giá về,
thăng Đô thống chế, ra lĩnh Trấn thủ Nghệ An. Gia Long năm thứ 5, Toản ở
trấn khai khẩn ruộng bỏ hoang, vì thu thuế cho mình bị Hiệp trấn là
Nguyễn Hoài Quỳnh hặc tội, phải giáng làm Phó đô thống chế, bãi chức
trốn về kinh vào chầu hầu. Năm thứ 7, ở Thanh Bình có cướp nổi lên, Trấn
thủ Nghệ An là Trần Công Lại đem quân đi đánh, Toản coi 9 đội Thắng uy
Thị nội đến thay lĩnh việc trấn. Mùa hạ năm ấy lại triệu về Kinh. Năm thứ
9, lĩnh Lưu thủ Quảng Đức, năm sau gia hàm Đô thống, lại lĩnh Trấn thủ