Tháng 10 năm ấy có chỉ phải gác tình riêng, khởi sung bang biện quân thứ
Quảng Nam, chẳng bao lâu cất lĩnh Bố chính sứ ở Định Tường. Năm thứ
13 (1860) tỉnh thành thất thủ phải cách chức theo Đổng suất đại thần là
Nguyễn Tri Phương ra sức sai phái, lại sung Thương biện quân vụ. Khi hòa
nghị thành, đổi về làm Bang biện giúp việc nơi quân thứ Nghĩa Định. Năm
thứ 18 (1865) lại làm Hồng lô tự khanh, biện lý Bộ Hình. Năm thứ 19
(1866) phái tới Nghệ An tra xét vụ án đốt phát đạo quan. Khi xong trở về
cất làm Kinh triệu doãn. Ở mọi đô thành tập quán chuộng phù hoa xa xỉ,
hết thảy sửa chính lại. Năm thứ 21 (1868) Kinh sư bị hạn hán, vua sai cầu
đảo rồi được trận mưa. Vua khen vì dân hết chức trách, cho một đồng kim
tiền, lại cho một bài thơ để tỏ yêu mến. Cuối bài thơ có câu: "Duy dư hữu
khuyết lại nhỉ bổ, tận nhĩ chức phận thiên bất phụ" (dịch nghĩa: Ta có
khuyết điểm ngươi bổ cứu, ngươi hết bổn phận trời không phụ). Rồi đổi
biện lý Bộ Hộ. Bấy giờ Bố chính Quảng Ngãi là Nguyễn Đức Trứ tham
lam, biển lận, Đăng Đệ dâng mật sớ tham hặc, vì việc không đáng bí mật,
phải giáng hai cấp ly. Năm thứ 24 (1871) đổi sung Tịnh Man tiễu phủ sứ.
Năm thứ 27 (1874) cất làm thị lang Bộ Binh, nhưng vẫn sung sứ chức, phái
bắt tên ngụy mục Phạm Văn Hiên và bốn tên đổ đảng, thưởng gia một cấp.
Gặp quân ác Man lại xuống cướp bóc. Vua cho Đăng Đệ, thất về phòng
phạm, giáng bốn cấp được lưu, rồi đổi về thị lang Bộ Hộ, chuyển Tham tri.
Năm thứ 29 (1876) sung Chủ khảo trường Thừa Thiên, tiến thăng thự Lễ bộ
Thượng thư, sung Quốc sử quán Phó tổ kiêm quản cả Quốc tử giám. Năm
thứ 32 (1879) mùa xuân có hội thí sung làm chủ khảo. Năm sau sứ nước Y
Pha Nho tới Kinh, vua sai sung làm Chánh sứ toàn quyền đại thần. Năm
thứ 34 (1881) thăng thự Thượng thư, mùa thu năm ấy 68 tuổi vì ốm xin rút
lui. Vua cho và dụ rằng: "Đỗ Đăng Đệ tha cẩn thận chức phận, giữ gìn
không có lỗi lớn, nhưng vì ốm yếu chưa tới niên lệ xin về hưu, xét lời trần
tình cũng là bất đắc dĩ, không phải kẻ vô tài tầm thường so sánh được, cho
gia ơn hàng năm chi nửa bổng suốt đời thì thôi". Đồng Khánh năm thứ 3
(1888) thời chết. Thọ 75 tuổi.
