Lưu vực sông là một hệ thống nhạy cảm và phức tạp. Quản lý lưu vực sông đòi
hỏi lưu lượng nước đầy đủ, duy trì sự ổn định của các hệ sinh thái, kiểm soát lũ.
Công ty Quản lý Chất thải và Năng lượng Hạt nhân Thuỵ Ðiển và Nespak,
Pakistan phối hợp sử dụng GIS hỗ trợ quản lý vùng lưu vực sông Torrent ở
Pakistan. GIS được sử dụng để mô hình hoá sự cân bằng nước, quá trình xói
mòn, và kiểm soát lũ cho khu vực.
Hammon, Jensen, Wallen & Associates dùng GIS để kiểm soát vùng lưu vực
sông Santa Lucia Preserve. Mô hình không gian ba chiều được xây dựng nhờ
công nghệ GIS, đã giúp các nhà nghiên cứu tiếp cận chính xác về địa hình và
thổ nhưỡng của khu vực, từ đó xây dựng những quy luật diễn biến quan trọng
cho toàn bộ vùng lưu vực sông.
Kiểm soát các nguồn nước