Năm 1789, khi chính quyền mới được thành lập, Washington đã bổ nhiệm
Hamilton giữ chức Bộ trưởng Tài chính, bộ quan trọng nhất trong giai đoạn
đầu dựng nước. Ngay lập tức, ông bắt tay vào đặt nền móng cho hệ thống
tài chính – kinh tế đang rất tồi tệ của Liên bang. Trong một loạt các báo cáo
(1790-1991), ông đề xuất một chương trình rộng khắp, không chỉ làm ổn
định tình hình tài chính quốc gia mà còn hình thành tương lai của đất nước
như một quốc gia giàu có và hùng mạnh. Ông đề nghị thành lập Ngân hàng
Đệ nhất Hoa Kỳ, để tài trợ cho các khoản nợ của liên bang; đảm trách các
khoản nợ của các tiểu bang và khuyến khích sản xuất. Chính sách của
Hamilton ngay lập tức đưa ông vào cuộc xung đột với Jefferson và
Madison. Những bất đồng của họ về chương trình thúc đẩy kinh tế, về lòng
yêu quý với nước Anh, về sự khinh bỉ người nghèo, về sự chống đối các
nguyên tắc và sự thái quá của Cách mạng Pháp, đã góp phần hình thành hệ
thống đảng phái chính trị đầu tiên của Mỹ. Để chống lại Jefferson, Madison
và Ðảng Cộng hòa - Dân chủ, Hamilton đã xây dựng Ðảng Liên bang và là
lãnh tụ xuất sắc nhất của đảng này.
Trong suốt hai nhiệm kỳ của Washington, quan điểm của Hamilton thường
chiếm ưu thế, đặc biệt là từ sau năm 1793, khi Jefferson rời chính quyền.
Năm 1795, nhu cầu tài chính của gia đình buộc Hamilton phải rời Bộ Tài
chính để làm luật sư tại thành phố New York. Trừ một thời gian ngắn giữ
chức Tổng thanh tra Quân đội (1798-1800) trong thời gian chiến tranh
ngầm với Pháp, ông không bao giờ quay lại tham dự chính quyền.
Trong khi giành được uy tín lớn lao trong sự nghiệp luật sư, Hamilton vẫn
tiếp tục là một chính trị gia đầy quyền lực trong chính trường New York và
trên toàn liên bang. Luôn luôn chống đối John Adams, dù cùng Đảng Liên
bang, ông tìm cách ngăn cản việc bầu chọn John Adams vào chức Tổng
thống trong cuộc đua năm 1796. Khi việc này thất bại, ông tiếp tục bí mật
sử dụng ảnh hưởng của mình ngay trong nội các của Adams. Sự chống đối
kịch liệt giữa hai người được công khai hóa vào năm 1800, khi Hamilton tố
