Khi chuẩn bị tranh đấu, thì ở mỗi cấp bầu ra ủy ban tranh đấu để chỉ đạo
cuộc đấu tranh theo yêu cầu mà Ban chấp hành Liên đoàn đề ra. ủy ban
tranh đấu là cơ quan lãnh đạo cao nhất trong đợt đấu tranh. Sau khi kết thúc
đấu tranh, ủy ban tranh đấu mới giao quyền lãnh đạo lại cho Ban chấp hành
Liên đoàn tù nhân các cấp.
Điều lệ cũng quy định mỗi tổ chức cơ sở của Liên đoàn (khám tù, sở tù)
là một khu; mỗi trại giam (banh), gọi là một liên khu, và cấp cao nhất là
Ban chấp hành liên đoàn. Buổi đầu, do số lượng tù nhân ít nên hệ thống tổ
chức của Liên đoàn chỉ có 2 cấp: Cấp cơ sở (khu) và cấp Liên đoàn (toàn
đảo); cấp liên khu có tên mà chưa có Ban chấp hành.
Ban chấp hành tù nhân ở các khu cũng có cơ cấu tương tự như cấp Liên
đoàn nhưng có thêm Ban trật tự. Công tác trật tự rất quan trọng. Kể từ lúc
anh em thức dậy cho đến khi đi làm, ăn uống, nghỉ ngơi, đều cần có sự điều
khiển của Ban trật tự. Khi cuộc tranh đấu nổ ra, nhiệm vụ của Ban trật tự
rất quan trọng cả về phương diện tổ chức, an ninh nội bộ cũng như đối phó
với giám thị. Khi địch đàn áp, Ban trật tự sẽ câu tay nhau chịu đòn ở vòng
ngoài, bảo vệ lãnh đạo và những người ốm yếu. Đối với nội bộ, Ban trật tự
theo dõi những người sa sút tinh thần và ngăn cản có hiệu lực những trường
hợp bỏ cuộc, nhảy ra đầu hàng địch.
Các khu tự chọn phiên hiệu cho đơn vị mình để dùng trong Văn bản giao
dịch nội bộ, không dùng tên gọi của nhà tù. Banh I mang tên Liên khu Võ
Nguyên Giáp, vị Tổng tư lệnh các lực lượng võ trang kháng chiến. Banh II
mang tên Liên khu Nguyễn Bình, vị Tư lệnh các lực lượng võ trang ở Nam
bộ. Sau những cuộc thảo luận dân chủ, tù nhân các khu đều chọn tên cho
đơn vị mình. Có khám mang tên một vị anh hùng dân tộc hoặc mang tên
những đồng chí lãnh đạo Đảng, Chính phủ, Quân đội... Có khám mang tên
một chiến sĩ ưu tú đã hy sinh anh dũng.
Nhân dịp Liên đoàn tù nhân Côn Đảo ra đời, Chủ tịch Tư Ba Đào ra lời
hiệu triệu, in trên tạp chí Côn Đảo Mới, kêu gọi toàn thể tù nhân:
“Đoàn kết nhất trí xung quanh Ban chấp hành, tạo thành một lực lượng
vững chắc đối phó với mọi âm lưu đen tối của nhà tù.
