Để thay thế cách phân loại bệnh tật dựa trên các dịch thể, Paracelsus thử xây dựng một hệ thống dựa
trên tính tương đồng của các quy trình hóa học. Về đại thể, tuy các quan niệm hóa học của ông khá tối
nghĩa và không nhất quán nhưng lại đặc biệt phù hợp với các bệnh chuyển hóa, các rối loạn về chế độ ăn,
và một số bệnh nghề nghiệp. Lấy ví dụ, khi xếp loại bệnh gút là “bệnh chất cặn”, quả thật ông ta đã chọn
ra một ví dụ về bệnh chuyển hóa trong đó thành phần hóa học của cơ thể bị lệch lạc: trên các bệnh nhân
gút, một chất chuyển hóa lắng đọng chủ yếu ở các khớp, rất giống như trong rượu vang có cặn đóng lại
dưới đáy thùng. Ông ta cũng chỉ ra được mối liên hệ giữa chứng ngu độn ở trẻ em (cretinism) với bướu
giáp ở người lớn (những rối loạn do thiếu chất Iod trong chế độ ăn). Theo Paracelsus, thợ mỏ, thợ nấu
kim loại và các thợ luyện kim đều có những triệu chứng ở phổi và ngoài da do hấp thu những chất nguy
hiểm trong bầu không khí chung quanh có chứa các thứ bụi độc hại. Những hợp chất hóa học độc hại tạo
ra sự đông đặc bên trong, kết tủa và tạo ra cặn lắng. Những ví dụ như thế có thể cho ta cảm tưởng rằng
Paracelsus đã có lý khi công kích học thuyết của Galen và ông ta thực sự nắm được bí quyết của một hệ
thống mới trong điều trị, nhưng điều này cũng dễ khiến ta đi sâu vào tài liệu của Paracelsus và càng đọc
thì càng thêm mờ mịt. Tuy vậy, những người ủng hộ ngành y học hóa học hoặc y học kiểu Paracelsus đều
tham gia trong công cuộc chuyển mình của dược lý học và sinh lý học, chẩn đoán và điều trị. Hội các
thầy thuốc hóa học được thành lập năm 1665. Những ví dụ đầy thành công của các ngành y học hóa học
đã buộc cả các thầy thuốc bảo thủ nhất cũng phải suy nghĩ về những hạn chế của học thuyết Galen và lôi
kéo nhiều thầy thuốc chính thống tiến hành thử nghiệm các cách điều trị mới. Mặc dù có sự chống đối
của Viện các thầy thuốc nhằm bóp chết việc sử dụng các cách điều trị mới bằng hóa chất, các thầy thuốc
người Anh đồ đệ của Paracelsus đã được công
