Chúa thuận lợi hơn. Những người da đỏ cải đạo đã chịu đựng sự sụp đổ các hệ thống xã hội truyền
thống, điều kiện sống thiếu vệ sinh, chen chúc, thiếu ăn do chế độ ăn càng ngày càng bị thu hẹp, các dịch
bệnh, lao động nhọc nhằn, tất cả những thứ đó đưa tới sự giảm sút tỷ lệ sinh và tăng tỷ lệ tử. Những khảo
sát do chính quyền thực dân tiến hành trong thế kỷ 17 đã ghi nhận sự sụt giảm liên tục số lượng dân da
đỏ, những đòi hỏi cống nạp và lao động càng ngày càng tăng và sự tan rã các cộng đồng thổ dân châu
Mỹ.
Từ những năm 1530, các nhà truyền giáo đã thành lập trường học tại vùng Tây Ban Nha mới, tại đây họ
đào tạo người Aztec thành người chép sách và thông dịch nhằm thu thập các thông tin về chủng tộc học
và đẩy nhanh việc cải đạo của người da đỏ. Vì vậy, ghi chép về thuốc của người Aztec được bảo tồn
trong một số ít tài liệu viết bằng tiếng Nahuatl, ngôn ngữ của người Aztec và được dịch sang tiếng Tây
Ban Nha hoặc Latin. Lịch sử tự nhiên quan trọng của vùng Tây Ban Nha mới cũng được các thầy thuốc
Tây Ban Nha biên soạn. Năm 1570, vua Philip II cử Francisco Hernández (1517-1587) đến Tân Thế Giới
để thu thập các thông tin về những “thứ tự nhiên” tìm thấy tại đế quốc Tây Ban Nha mới. Hernández
được cho là đã hỏi ý các thầy thuốc bản địa, người làm thuốc, thầy thuốc trị bệnh bằng thảo dược, để
khảo nghiệm những đặc tính của thứ cây, cỏ và thảo dược của Tân Thế Giới, và xác định thứ nào có thể
cho ra thuốc mới. Mặc dù Hernández chủ yếu chỉ quanh quẩn gần Mexico City, các bác sĩ bản địa và
thầy thuốc trị bệnh bằng thảo dược đã cung cấp cho ông này hàng trăm thứ cây, con mà châu Âu chưa hề
biết đến. Hernández thử xác định những đặc tính được nhắc đến của những thứ thuộc Tân Thế Giới này
qua các thử nghiệm lâm sàng tại các bệnh viện của Mexico City. Khi quay về Tây Ban Nha, Hernández
mang theo hàng trăm minh họa và ghi chú bằng tiếng Náhuatl, Tây Ban Nha, Latin mô tả khoảng 3.000
cây cỏ. Được ca ngợi là Pliny của Tây Ban Nha, Hernández biên soạn bộ sách gồm nhiều quyển về lịch
sử tự nhiên vùng Tây Ban Nha mới và một báo cáo về lịch sử và phong tục của thổ dân.
Theo Hernández, người Aztec biết được các đặc tính chữa bệnh và kinh tế của khoảng 1.200 cây thuốc.
Ngoài những thuốc gây xổ, cắt sốt, thuốc bổ và nhiều thứ khác, Tân Thế Giới còn đưa ra nhiều thứ thuốc
gây độc mới mà về sau các nhà hóa học đã phân lập được nhiều chất gây ảo giác, thuốc thần kinh, thuốc
tê, thuốc giảm đau và thuốc gây nghiện. Mặc dù Hernández đánh giá các dược liệu và cách điều trị của
người Aztec dựa trên các học thuyết thể dịch cổ điển châu Âu, ông ta cũng ghi nhận sự đắc dụng của hệ
thống phân loại Náhuatl. Để tạo điều kiện cho công trình của mình được phổ biến rộng rãi hơn,
Hernández cho dịch từ tiếng Latin sang Tây Ban Nha và Náhuatl. Tiếc rằng, bộ chuyên luận lớn mà ông
dự tính đã không được xuất bản khi ông còn sống. Các nhà tự nhiên học khác trình bày những tóm tắt và
trích dẫn lại được nhiều thế hệ thầy thuốc đánh giá cao.
Sau khi Mexico rơi vào tay các nhà chinh phục năm 1521, và trở thành thuộc địa Tây Ban Nha của vùng
Tây Ban Nha cùng với phần lớn vùng Trung Mỹ, Texas, California, Arizona, New Mexixo và những
vùng khác. Đến năm 1523, thủ đô của người Aztec được xây dựng lại với các lâu đài và pháo đài dành
cho chính quyền quân sự mới; các nhà thờ, bệnh viện và trường học được xây dựng trên đống đổ nát các
đền thờ và cung điện của người Aztec. Trong khoảng 300 năm dưới ách thuộc địa, các nhà cai trị và lập
nghiệp Tây Ban Nha đã cố đem cấy các định chế và tư tưởng y khoa châu Âu vào một thế giới bị tàn phá
bởi sự chinh phục quân sự, bệnh dịch và sự sụp đổ cấu trúc xã hội bản địa. Không thèm chú ý đến các
điều kiện địa phương, họ cố đưa vào vùng Tây Ban Nha mới những luật lệ hà khắc, các yêu cầu về cấp
phép, và các cấu trúc tổ chức tương tự như những thứ quản lý các thầy thuốc, dược sĩ và hộ sinh tại Tây
Ban Nha.
