Bất ngờ, 3 giờ sáng ngày 23.10.1966, tại chùa Ấn Quang một số Thượng
Tọa đã lén lút thành lập Hội Đồng Viện Hóa Đạo Giáo Hội Phật Giáo Việt
Nam Thống Nhât và cử Thượng Tọa Thích Thiện Hoa làm Viện Trưởng, coi
như lật đổ tôi. Từ đó có ra Viện Hóa Đạo Phật Giáo Việt Nam Thống Nhất
tại Ấn Quang".
Trước tình trạng có hai ban lãnh đạo Giáo Hội cùng một lúc, ngày
24.10.1966, Thượng Tọa Thích Tâm Châu ra thông cáo xác nhận ông vẫn
là Viện Trưởng Viện Hóa Đạo, một chức vụ mà ông đã được các đại diện
của các tông phái trong Giáo Hội bầu ra. Ông tuyên bố việc bầu bán tại
chùa Ấn Quang ngày 23.10.1966 là bất hợp lệ.
Ngày 25.10.1966, các tông phái Phật Giáo miền Vĩnh Nghiêm, Théravada,
Hội Việt Nam Phật Giáo (Bắc Việt tại miền Nam) ra tuyên bố không công
nhận cuộc bầu cử ở chùa Ấn Quang vì bất hợp lệ. Sự rạn nứt đi tới gian
đoạn khó có thể hàn gắn được.
Ngày 24.12.1966, trong một buổi thuyết pháp, Thượng Toạ Thích Tâm
Châu nói rằng Hiến Chương của Giáo Hội Phật Giáo Việt Nam Thống Nhất
phải được sửa chữa lại cho phù hợp với tình thế mới. Phật Giáo phải trở về
lại với các sinh hoạt tôn giáo thuần túy, không có xuống đường đấu tranh
nữa. Sau đó một Hiến Chương tu chính đã được 5 tông phái biểu quyết vào
ngày 14.3.1967, không có sự tham dự của các tông phái theo phe Ấn
Quang. Những Tông Phái đã ký tên vào Hiến Chương mới là :
- Giáo Hội Nguyên Thủy Việt Nam.
- Giáo Hội Tăng Già Bắc Việt tại Miền Nam.
- Tăng Sĩ Giáo Phái Phật Giáo Theravada.
- Cư Sĩ Giáo Phái Phật Giáo Théravada.
- Hội Việt Nam Phật Giáo.
Ủy Ban Lãnh Đạo Quốc Gia đã ban hành Sắc Luật 023/67 ngày 18.7.1967
chuẩn y Hiến Chương ngày 14.3.1967 do Thượng Tọa Thích Tâm Châu đệ
trình.
Ngày 12.8.1967, một cuộc họp bầu cử Hội Đồng Tăng Thống và Hội Đồng
Viện Hóa Đạo đã được tổ chức tại Việt Nam Quốc Tự. Thượng Tọa Thích
Tâm Châu xin từ chức Viện Trưởng Viện Hóa Đạo. Kết quả cuộc bầu cử