Tình hình tưởng đã ổn định nhờ sự dàn xếp của các cấp lãnh đạo Phật giáo
và Công giáo, nhờ việc tướng lãnh trở về quân đội, nhờ sự hiện diện của
Thượng Hội Đồng Quốc Gia gồm nhiều nhân vật tên tuổi, nhờ sự trở lại
chức vị “lãnh đạo Quốc gia lâm thời” của tướng Dương Văn Minh, không
ngờ ngày 13-9 Trung tướng Dương Văn Đức và Thiếu tướng Lâm Văn Phát
(Công giáo) lại kéo quân về Sài Gòn-Gia Định chiếm đóng một số địa điểm,
đả kích tướng Nguyễn Khánh và nhân danh Hội Đồng Quân Dân Cứu Quốc
tuyên bố tái lập trật tự đã bị phá hoại cùng uy quyền quốc gia đã bị miệt thị.
Có tin đồn vụ này do lực lượng đảng Đại Việt và vài nhóm Công giáo phát
động. Tướng Khánh đang ở Đà Lạt vội lên đài phát thanh lên án hai tướng
Đức và Phát, trong lúc nhiều tướng khác nhóm họp tại Bộ Tư lệnh Không
quân tìm phương thức đối phó.
Ngày 14-9-64, các tướng lãnh tiếp tục họp tại Bộ Tư lệnh Không quân và ra
lệnh cho tướng Đức phải rút quân về các vị trí cũ, nếu không sẽ cho phi cơ
đến tấn công. Tướng Đức nhượng bộ rút quân nên đã không xảy ra vụ xô
xát nào cả. Trong lúc đó thì sinh viên lại hội thảo và xuống đường biểu tình
đả đảo dư đảng Cần Lao đã mưu toan đảo chánh.
Ngày 16, Thủ tướng Khánh trở về Sài Gòn ra lệnh điều tra vụ đảo chánh
hụt, một số nhân vật dân sự Công giáo bị bắt. Ngày hôm sau, một số tướng
tá liên quan đến biến cố 13-9 bị cách chức trong đó có Trung tướng Dương
Văn Đức, Thiếu tướng Lâm Văn Phát, Thiếu tướng Dương Ngọc Lắm, Đại
tá Huỳnh Văn Tồn và Trung tá Dương Hiếu Nghĩa.
Ngày 21, hàng ngàn thanh niên do Hội Đồng Nhân Dân Cứu Quốc tại Huế
xách động đánh chiếm đài phát thanh và nhiều cơ sở ở Huế và Quy Nhơn,
đồng thời lùng bắt Cần Lao. Ở Phan Thiết cũng hàng ngàn thanh niên phát
động phong trào tranh đấu diệt trừ Cần Lao và nhiều cuộc xô xát đã xảy ra.
Ngày 27-9-64, ông Phan Khắc Sửu được bầu làm Chủ tịch Thượng Hội
Đồng Quốc Gia.
Tỉnh Thừa Thiên cùng nhiều tỉnh khác ở Trung phần lập “Hội Đồng Nhân
Dân Cứu Quốc” để thanh toán Cần Lao.
Hội Đồng Chỉ đạo Sinh viên Học sinh quyết nghị và thông cáo “Chống
đảng phái chính trị xen lấn vào học đường và chống mọi sự lôi cuốn sinh