Trong đợt oanh tạc này, tổng cộng có 6 máy bay bị trúng đạn pháo (bao
gồm cả chiếc máy bay do Lemay điều khiển) nhưng số bom mà đại đội bay
thả xuống mục tiêu còn lớn hơn con số đó rất nhiều. Lần này ông vừa có
được một loại phi cơ oanh tạc mới lại vừa đạt được mục tiêu mới, đó là
Nhật Bản. Loại máy bay oanh tạc mới mà ông có được là B - 29, một loại
máy bay oanh kích tầm xa vừa được sản xuất, lắp ráp xong và đưa vào sử
dụng. Tổ phi cơ oanh tạc bắt đầu cất cánh từ Ấn Độ bay đến Nhật Bản tiến
hành cuộc không kích, sau này thay đổi địa điểm cất cánh đến quần đảo
Mariana ở Tây Thái Bình Dương. Biện pháp giúp cho 300 máy bay oanh
tạc B - 29 có thể mang được số lượng bom gấp đôi là: Ông ra lệnh cho mọi
người tháo bỏ tất cả súng máy và đạn súng trên máy bay, đồng thời hạn chế
tối đa lượng dầu máy bay mang theo.
Trong đợt không kích đầu tiên vào Tokyo từ ngày 9 tháng 3 đến ngày 10
tháng 3, các phi công được thông báo là họ sẽ phải oanh tạc Nhật Bản ở tầm
thấp 1,5 km trong điều kiện không có vũ trang. Nghe được tin này, các phi
công đều cảm thấy rất lo sợ. Do ông ra lệnh tháo dỡ tất cả súng máy và đạn
súng trên máy bay, đồng thời lại hạn chế tối đa lượng dầu máy bay mang
theo, nên cuộc oanh tạc lần này đã tạo nên uy lực cực lớn, vì oanh tạc ở tầm
thấp nên thậm chí các phi công có thể ngửi thấy được mùi thịt người bị
thiêu cháy. Tiếp sau đó, ông được điều đến Guam chỉ huy liên đội bay oanh
tạc số 21 tại đó cho đến tận khi ông được tấn phong tham mưu trưởng
không quân chiến lược chiến khu Thái Bình Dương. Đến tháng 6 thì bom
Napan đã thiêu huỷ vùng đất gần 90Km2 của Tokyo và phần lớn vùng đất
nhiều thành phố khác, gây nên cái chết của gần 500.000 người Nhật Bản và
khiến cho 8 triệu người khác mất nhà cửa.
Tướng Arnold và Lemay đều cho rằng cuộc tiến công như đã định đối
với nước Nhật vào tháng 9 đã có thể hủy bỏ được rồi, các cuộc tác chiến
của tướng sĩ không quân Mỹ đã cứu vãn được tính mạng của hàng vạn quan
binh lục quân Mỹ. Vì vậy, ông đã đích thân đáp phi cơ B - 29 quay về
Washington để thuyết phục hội nghị liên tịch tham mưu trưởng là: Bom
Napan cũng có thể đủ sức buộc nước Nhật phải đầu hàng trước tháng 10
