Ngay trước Thế chiến II Canaris ở vào một tình cảnh bất thường: một
mặt hắn là lãnh đạo cơ quan tình báo quân sự của quốc gia gây chiến và đã
chỉ đạo hoạt động của cơ quan này đạt nhiều thành tích, mặt khác lại đồng
lõa và giúp đỡ kẻ thù. Nghịch lí ở chỗ Canaris tuy chống Hitler nhưng lại
tận tụy làm việc, ra sức hoàn thiện cơ cấu của Abver, gửi ra nước ngoài và
tuyển mộ ở đó nhiều cơ sở tình báo gián điệp. Tổ chức của Canaris mặc dù
vậy không đông đảo bằng Gestapo, toàn bộ số lượng thành viên cho đến
năm 1943 chỉ có ba mươi nghìn người, trong đó có tám nghìn sĩ quan.
Canaris đã đặt từ trước chiến tranh những trung tâm tình báo chính của
mình ở thủ đô các nước trung lập như: Madrid, Liabon, Bern, Ancara,
Stockholm và cả ở Budapest. Xuất phát bởi lí do là các thành phố này chưa
chắc đã bị chiếm đóng trong tiến trình chiến tranh bởi phía này hay phía kia
nên các thương nhân, nhà ngoại giao, công chức và phóng viên là những
gián điệp trá hình có thể tự do đến đó. Những trung tâm tình báo tạm thời
được hắn tổ chức ở Brussel, Varsava, Sofia, Bucarest, Gaaga và Paris, là
những thành phố trong trường hợp chiến tranh có thể trở thành các thủ đô
thù địch, còn sau đó sẽ bị chiếm đóng. Do vậy hắn xây dựng tại đó những
nhóm tình báo tác chiến trong trường hợp quân Đức tấn công xâm nhập.
Những nhóm tương tự được hắn xây dựng tại các thủ đô vùng Baltich. Và
còn một Trung tâm quan trọng nữa mà gã đô đốc năng nổ đã tổ chức ở
Vatican, thành phố-quốc gia có đại diện tại nhiều quốc gia trên thế giới.
Nước Đức đã kí các hiệp ước về phối hợp hoạt động quân báo với các
quốc gia vùng Baltich. Những công dân Baltich theo lệnh của bọn Đức đã
cài gián điệp của Canaris vào các cơ quan tình báo ở Caunas, Riga và
Tallin. Tại các thành phố này và ở Gaaga cơ quan của Canaris hàng ngày
nhận được báo cáo về hoạt động của tình báo Anh.
Là người đứng đầu cơ quan tình báo quân sự, Canaris khi đó cũng là
phó chỉ huy thứ nhất của tướng Katel - chỉ huy Bộ tổng tham mưu các Lực