Năm Bính Tuất (1527, Lê Thống Nguyên năm thứ 5), nhà Lê bị nhà Mạc
cướp ngôi vua, Triệu tổ Tĩn
h hoàng đế vào Ai Lao dấy quân để khôi phục nhà Lê. Thái Tổ hoàng đế(44
) năm ấy mới lên hai tuổi được lưu dưỡng ở nhà Ư Kỷ. Ư Kỷ hết lòng chăm
sóc. Thái Tổ năm 20 tuổi, được Ư Kỷ thường khuyên lập công danh sự
nghiệp. Khi Triệu Tổ mất, Thái Tổ làm quan với nhà Lê; vì có quân công,
được phong Thái bảo Đoan quốc công. Trịnh Kiểm đố kỵ vì Thái Tổ có
công to thường muốn mưu hại. Ư Kỷ biết việc này, khuyên Thái Tổ giả
cách bị bệnh điên, có những c chỉ thất thường khiến cho Kiểm khỏi để ý.
Mưu sĩ của Kiểm là Nguyễn Hưng Long lại khuyên Kiểm giết Thái Tổ đi.
Có người mật báo Thái Tổ, Thái Tổ cả sợ, bàn với Ư Kỷ. Ư Kỷ nói: "Kiểm
có lòng nham hiểm, ta nên tránh xa. Thuận Hóa là đất hiểm trở kiên cố, có
thể giữ mình được. Vậy nên nhờ chị là Ngọc Bảo (Ngọc Bảo là con gái
Triệu Tổ, và là Chánh phi của Trịnh Kiểm) nói với Kiểm, xin vào trấn thủ
Thuận Hóa, rồi sau sẽ mưu làm việc lớn". Thái Tổ cho làm phải, sai người
nói với Ngọc Bảo. Ngọc Bảo nhân lúc rỗi, nói với Kiểm. Kiểm cũng cho
rằng Thuận Hóa là nơi lam chướng nước độc và có tướng nhà Mạc đóng
đồn ở đấy, muốn mượn tay nhà Mạc để giết đi. Kiểm bèn tâu vua Lê phong
đất ấy cho Thái Tổ và trao cho cờ tiết làm trấn thủ. Thế là gây nền ở cõi
Nam bắt đầu từ đó.
Năm Mậu Ngọ (1558) mùa đông, Thái Tổ vào Thuận Hóa, Ư Kỷ đem con
em đi theo. Đến bãi cát Ái Tử (thuộc huyện Đăng Xương) dân đem dâng 7
chum nước trong. Ư Kỷ mừng tâu rằng: "Đấy là phúc trời cho. Việc trời tất
có điềm báo. Nay chúa thượng mới đến mà dân đem "nước" dâng lên, có lẽ
là điềm "được nước" đó chăng ?". Thái Tổ nhận lấy 7 chum nước ấy, bèn
cắm doanh trại ở xã Ái Tử. Năm Quý Tỵ (1593) mùa hạ, Thái Tổ lại ra
Đông Đô, ở lại 8 năm, nhiều lần đi đánh giặc, Ư Kỷ theo hầu bên cạnh.
Năm Canh Tý ( 1600), mùa hạ, Thái Tổ vượt biển về Nam. Thuyền đến cửa
biển Thần Phù, dân nhiều người đi theo. Nghe nói quân Trịnh đuổi riết, Ư
Kỷ sai quân bơi thuyền đi nhanh. Dây buộc cọc chèo bị đứt. Có người
huyện Yên Mô là Phạm Thị Công dâng một sọt tơ sống để làm dây buộc,
thuyền lại đi nhanh (Phạm Thị Công theo vào Thuận Hóa, đến lúc chết,