Năm thứ 18, sung làm Đề điệu trường thi Sơn Nam Hạ, rồi lĩnh Hộ tào ở
Bắc Thành.
Minh Mạng năm thứ 1, được triệu về kinh, Tổng trấn là Lê Chất tâu xin lưu
lại để cùng với Phó tổng trấn là Lê Văn Phong làm giúp công việc thành ấy.
Gặp khi Sơn Nam Thượng và Kinh Bắc bị đói , Vân cùng Phong phát ngay
thóc, chẩn cấp cho dân nghèo, rồi sau mới đem việc ấy tâu lên, vua xuống
dụ quở là chuyên quyền. Bỗng lại triệu về kinh thăng Thự thượng thư bộ
Binh, vừa gặp kỳ duyệt tuyển binh đinh ở Bắc Thành, để Vân ở lại trông
coi việc ấy. Gặp khi bệnh dịch lệ phát lên to, Vân tâu xin hoãn việc duyệt
tuyển, rồi bị bệnh chết, tuổi 49. Vân có tờ biểu để lại tâu vua: "Thần học ít
tài hèn, phú tính thô lỗ, chỉ làm việc lâu ngày, tiên đế xét rõ là ngu thực,
may được khỏi tội lỗi, mới có ngày nay. Trước đây phụng chiếu duyệt
tuyển ở Bắc Thành bỗng gặp ốm đau vì cớ mẹ già mong đợi, cố gắng cơm
thuốc mong làm cho trọn vẹn việc công, để dược sớm về thăm mẹ; mà thế
bệnh ngày tăng lên, tuổi thọ khó lòng kéo lại đó là tội của thần nhiều lắm.
Nhưng lòng nhỏ mọn, không thể tự nguôi được, xin nhà vua giữ đức được
thường, cẩn thận sau cũng như trước, khiến cho nhà Thanh chừ không thể
được tiếng khen một mình ở trước. Còn như việc nước Tiêm La, nếu có lỗi
nhỏ cũng tỏ ra khoan dung, cũng theo lẽ phải, không những báo ơn tiên đế
đóng ở đấy mấy năm, cũng để khỏi mối lo trăm đời về năm quan to ở biên
giới". Vua xem tờ biểu than tiếc, tặng Thượng thư bộ Binh, cho tên thụy là
Cung Nguyên, ban cho bạc lạng; cấp cho phu coi mộ. Lại dụ các quan rằng:
Vân đủ cả tài chính sự, văn học, lo việc nước theo phép công, gặp việc nghỉ
gắng sức, chưa ai có thể kịp được, tiếc rằng chí chưa thỏa mà thân đã chết,
lòng trung ái ấy tỏ rõ ở để lại; trẫm xem biểu không ngờ nước mắt chứa
chan. Trịnh Hoài Đức tâu nói: Tờ biểu để lại của Vân nói đến mẹ già là ý
muốn trông nhờ nhà vua, nhưng không dám nói mà thôi, vua bảo rằng:
Trung thần còn mẹ, trẫm phải hậu đãi, sai ban cho mẹ Vân lạng bạc và tấm
đoạn, sắc cho quan địa phương thăm hỏi. Đến khi chết, vua lại ban cho hậu.
