Về danh nghĩa, ông chỉ là một cố vấn chính trị, nhưng hầu hết các tài liệu
đều ghi nhận ông là kiến trúc sư của chế độ, là người khởi xướng mọi chủ
trương chính sách của nền Đệ nhất cộng hòa. Ông cũng cho lập và trực tiếp
khống chế nhiều cơ quan tình báo và mật vụ (lúc cao trào có tới 13 cơ
quan) với những quyền lực to lớn như được quyền bắt giam người không
cần xét xử.
Tuy nhiên, do tính chất độc tài gia đình trị, cộng với những biện pháp tàn
bạo đối với những người bất đồng chính kiến dẫn đến việc ông bị xem là có
trách nhiệm cho sự sụp đổ của nền Đệ nhất cộng hòa. Đặc biệt là những
biện pháp được thực hiện trong vụ đàn áp Phật giáo năm 1963 đã dẫn đến
sự phản ứng dữ dội. Ngày 1 tháng 11 năm 1963, các tướng lĩnh đã thực
hiện cuộc đảo chính quân sự lật đổ tổng thống Ngô Đình Diệm. Ngô Đình
Nhu và người anh phải chạy trốn vào nhà thờ Cha Tam. Tuy nhiên, vào
ngày 2 tháng 11 năm 1963, người ta thấy một đoàn xe quân sự đến đón hai
anh em ông về Bộ Tổng tham mưu. Tuy nhiên, khi chiếc thiết giáp M 113
chở hai anh em ông về đến nơi thì phát hiện thi thể của hai anh em ông với
nhiều vết dao và dấu đạn trên người.
Các câu nói nổi tiếng
Cộng sản có gì hay ta phải học !
