Với chủ trương đó, anh em họ Ngô sau khi loại trừ và tịch thu tài sản các
Tổng trưởng, tướng lãnh của Bảo Đại hoặc thân Pháp, cùng các thủ lãnh
giáo phái và Bình Xuyên xoay qua đàn áp các linh mục có thái độ độc lập
đối với chánh quyền.
Cha sở Gia Định, Huỳnh Văn Của bị bắt giam và kết án 18 tháng tù về tội
"để cho xe hơi bất hợp pháp đậu ở trong địa phận nhà thờ Gia Định". Linh
mục di cư Vũ Đình Trác, chủ nhiệm tuần báo "Đường Sống" cũng bị giải
toà, kêu án 18 tháng tù vì đăng một bài báo "làm hại đến tinh thần dân
chúng" đã viết: "… nhiều trại di cư có tổ chức các buổi đọc kinh cầu
nguyện Chúa ban sức khỏe và duy trì sự sáng suốt cho Tổng thống để dân
chúng giữ được tín nhiệm buổi đầu đối với người…".
Đồng thời với công cuộc triệt hạ những phần tử đối lập, anh em họ Ngô
đưa ra chiêu bài "Tố Cộng" để trừ khử các môn đồ trung thành của các giáo
phái Cao Đài, Hoà Hảo còn ngấm ngầm hoạt động ở Hậu Giang và Tây
Ninh.
Các chức sắc Cao Đài có khuynh hướng ủng hộ giáo chủ Phạm Công Tắc
đã lưu vong sang Cao Miên, đều lần lượt bị bắt. Hàng ngàn tín đồ bị đưa đi
trại tập trung.
Để phản đối chính sách khủng bố của họ Ngô cho binh sĩ chiếm đóng vùng
Tây Ninh, hàng vạn tín đồ Cao Đài đã biến một đại lễ ở Toà thánh thành
một cuộc biểu tình khổng lồ chống lại phái đoàn chính phủ cùng đoàn quay
phim Mỹ.
Mặc dầu bị đàn áp gắt gao, khí thế của giáo phái Cao Đài vẫn mạnh mẽ,
