Được sự đồng ý của thượng cấp, đêm mùng 5 tháng 4 năm 1962, Khêu Văn
Hai và đám tay chân đồ tể ra tay:
Vào lúc 10 giờ đêm, một chiếc xe "díp" bít bùng tới bót Ngô Quyền.
Nguyễn Phan Châu bị trói tay ra sau, bịt mắt dẫn đi phủ kín bằng mền để
nằm trên sàn xe chạy về phía xa lộ Biên Hoà cùng ba nhân viên thân tín
Thảo, Bang và Ngời chở nạn nhân tới Thủ Thiêm, đi khỏi đồn Kho Muối.
Đến cách cầu Cá Trê khoảng hai mươi thước, một vùng vắng vẻ, chung
quanh không có nhà ở, Khêu Văn Hai ngồi trước ra lệnh xe ngừng lại và
bảo ba tên thuộc hạ dẫn Nguyễn Phan Châu ra mé sông. Hai ở lại canh
chừng xem có ai qua lại không.
Biết mình đang bị đưa đi thủ tiêu, Nguyễn Phan Châu năn nỉ cùng mấy tên
sát nhân:
- Các người có đưa tôi đi giết thì xin cho tôi được "ăn năn cách trọn" vì tôi
là người công giáo.
Không kể đến lời van xin cuối cùng của nạn nhân, ba tên công an bèn quật
ngã Nguyễn Phan Châu xuống mé rạch. Nguyễn Văn Ngời và Lê Văn Thảo
phụ lực đè Châu nằm sấp dưới đất trong lúc Huỳnh Phước Bang ngồi trên
lưng, rồi dùng dây buộc và cây quây mang theo sẵn, siết cổ Châu cho đến
khi hết thở.
Khêu Văn Hai lặng lẽ đến chứng kiến cảnh giết người, rồi nói:
- Thằng này là một cán bộ cao cấp của Việt cộng cần phải thủ tiêu cho mất
tích!