Tổ chức Bảo tồn quốc tế và Chính phủ Malagasy đã sử dụng GIS để kiểm soát
sự phân bố của các loài thực vật ở Madagascar. Bản đồ này biểu diễn các loài
thực vật của miền nam Madagascar bằng các màu khác nhau và biểu diễn các
khu bảo tồn bằng nền chéo. Với những thông tin này, có thể dễ dàng xác định
các vùng cần được bảo vệ hoặc các vùng hiện được bảo vệ có khả năng bị xâm
hại.
Kiểm soát đa dạng sinh học
Một số tổ chức đã sử dụng GIS để phân tích sự phân bố và mức độ bảo tồn đối
với một số thành phần của đa dạng sinh học. GIS giúp các nhà nghiên cứu xác
định các loài có khả năng hiện diện trong vùng quản lý hay không (vùng gián
đoạn). Những loài này được dùng làm chỉ thị cho đa dạng sinh học hoặc cho sự
vắng mặt, đối với một vùng cụ thể.
Bảo tồn những loài đang bị đe doạ