Do Thái khỏi Naples năm 1541 và đuổi họ ra khỏi các lãnh thổ của ông ta ở
vùng Flanders. Nhưng ở Đức, ông ta thấy người Do Thái là đồng minh có
ích, và tại Đại hội đồng hoàng thân xứ Augsburg (1530), Speyer (1544) và
Regensburg (1546), nhờ có ông ta bảo vệ mà họ không bị trục xuất. Các
hoàng thân-giám mục Kitô cũng thấy người Do Thái là đồng minh có ích
để chống lại người theo đạo Tin Lành, kể cả nếu họ không sẵn sàng thừa
nhận điều đó nơi công cộng. Do đó, trong Hoà ước Augsburg, các bên nhất
trí loại các nhà nước giáo hội khỏi điều khoản trung tâm, cuius regio, eius
religio (tôn giáo theo đức tin của hoàng thân), điều này cho phép người Do
Thái ở lại Đức. Josel xứ Rosheim, giáo sĩ trưởng ở Alsace, phát ngôn viên
của người Do Thái trong giai đoạn căng thẳng này, tố cáo Luther là một
“tên côn đồ” và gọi Hoàng đế Charles là “thiên sứ của Chúa”; người Do
Thái cầu nguyện cho sự thành công của quân đội hoàng gia trong giáo
đường của mình, cung cấp tiền và quân nhu cho quân đội - do đó tạo ra một
mô hình sinh tồn mới và quan trọng của người Do Thái.
Dù vậy, phong trào phản Cải cách khi xuất hiện đã hà khắc với người Do
Thái lẫn người Tin Lành. Các giáo hoàng, giống như các hoàng thân khác,
có truyền thống sử dụng và bảo vệ người Do Thái. Đã có 50.000 người Do
Thái ở Ý ngay trước khi các cuộc trục xuất Tây Ban Nha diễn ra, và con số
này nhanh chóng gia tăng do người tị nạn đổ đến. Việc người tị nạn đổ đến
gây rắc rối giống như ở Venice, nhưng nhìn chung chính sách của giáo
hoàng vẫn nhân từ. Paul III (1534-1549) thậm chí khuyên khích sự định cư
của người Do Thái bị trục xuất khỏi Naples (1541), và sáu năm sau chấp
nhận cả người marrano nữa, hứa sẽ bảo vệ họ khỏi tòa án dị giáo. Người kế
vị ông, Julius III, tiếp tục duy trì những đảm bảo này. Tuy nhiên, tháng 5
năm 1555, Hồng y giáo chủ Caraffa, chánh án tòa dị giáo và là tai hoạ với
những người Do Thái bất đồng quan điểm và dị giáo, trở thành giáo hoàng
với tước hiệu Paul IV và ngay lập tức đảo ngược chính sách này. Không chỉ
ở Ancona mà tại nhiều thành phố khác của Ý, của giáo hoàng và những nơi
khác, người Kitô và người Do Thái tự do qua lại với nhau, và ông theo
quan điểm của Erasmus khi cho rằng ảnh hưởng của Do Thái giáo là một
