Ngày thứ 3 sau khi Lý Tự Thành rút khỏi Bắc Kinh, Đa Nhĩ Cổn dẫn quân
Thanh, diễu võ dương oai tiến vào thành đã bỏ trống. Tháng 10 năm 1644,
Đa Nhĩ Cổn đón Thanh Thuận Đế từ Thẩm Dương về Bắc Kinh, lấy nơi
đây làm quốc đô triều Thanh. Từ đó về sau, vương triều Thanh bắt đầu thiết
lập sự thống trị tại Trung Quốc. năm sau, quân Thanh chia làm 2 cánh tiến
đánh Tây An. Một cánh do A Tế Cách, Ngô Tam Quế và Thượng Khả Hỷ
dẫn đầu; 1 cánh do Đa Đạc và Khổng Hữu Đức dẫn đầu. Lý Tự Thành
chống cự lại ở Đổng Quan. Qua nhiều trận đánh kịch liệt, cuối cùng nghĩa
quân phải rút khỏi Tây An, di chuyển về Tương Dương. Mấy tháng sau,
nghĩa quân bị lực lượng vũ trang của địa chủ tập kích ở Cửu Doanh Sơn
thuộc huyện Thống Sơn, Hồ Bắc. Lý Tự Thành thua trận, hy sinh. Sau khi
Lý Tự Thành rút khỏi Bắc Kinh, Trương Hiến Trung xưng đế ở Tứ Xuyên,
lấy quốc hiệu Đại Tây, tiếp tục chống lại quân Thanh.
Năm 1647, quân Thanh tiến vào Tứ Xuyên, trong 1 trận chiến đấu ở
Phượng Hoàng Sơn thuộc Tây Xung vùng Xuyên Bắc, Trương Hiến Trung
bị trúng tên hy sinh. Như vậy, 2 đội quân khởi nghĩa nông dân lớn nhất cuối
đời Minh đều đã thất bại.
