(gnat), mò (chigger), bọ cạp, và rắn độc đều là những thứ bản địa của châu Mỹ, nhưng chắc chắn rằng
người Âu đã mang đến những loài mới thuộc bọ chét, gián, chấy, rệp và chuột.
Bệnh sốt rét đã từng đóng một vai trò quyết định trong lịch sử thế giới, nhưng ta còn chưa rõ sự phân bố
của bệnh này trên quy mô toàn cầu thời tiền Columbus. Thậm chí nếu sốt rét nguyên thủy đã có tại châu
Mỹ, thì những chủng châu Phi có độc lực mạnh hơn cũng có thể đã du nhập vào châu Mỹ cùng lúc với
việc buôn bán nô lệ. Dù bệnh sốt rét ở người có phải là một vấn đề quan trọng tại châu Mỹ thời tiền
Columbus hay không, thì Tân Thế Giới cũng là nơi tìm thấy thuốc Quinine chữa bệnh sốt rét. Quinine,
trích từ vỏ một thứ cây mọc tại Nam Mỹ, lúc đầu có tên là cinchona hoặc vỏ cây xứ Peru. Người ta nói
rằng thổ dân châu Mỹ bị sốt vì một bệnh dịch đã phát hiện ra tác dụng điều trị của cinchona khi họ uống
nước trong một cái ao chung quanh có cây cinchona mọc. Dần dà câu chuyện cinchona lại được gắn vào
câu chuyện Nữ Bá tước Cinchón, phu nhân của Phó vương Peru. Đáng buồn là câu chuyện của bà bá
tước bị ấm mình và món thuốc của thổ dân châu Mỹ dường như chỉ là một huyền thoại để giải thích cho
việc mang vỏ cây xứ Peru về châu Âu trong những năm 1630. Quyển sách Điều trị đặc biệt (1712) của
Francesco Torti (1658-1741) đóng vai trò quan trọng xác định giá trị trị liệu của vỏ cây cinchona.
Mặc dù nhiều thầy thuốc thế kỷ 16 cho rằng giang mai là một bệnh mới được mang về từ Tân Thế Giới,
nhưng người ta vẫn còn tranh luận về sự phân bố của bệnh này trước thời Columbus. Tuy nhiên, có cơ sở
cho thấy những bệnh khác có nguyên nhân do treponema được phân bố rộng rãi khắp thế giới; trong đó
có thể pinta tại châu Mỹ. Những trận dịch quy mô toàn cầu bệnh giang mai xảy ra sau năm 1492 có thể là
do sự trao đổi của những chủng treponema trước đây vốn chỉ khu trú. Những bệnh lây truyền qua đường
tình dục khác có lẽ đã hiện diện tại châu Mỹ, nhưng có lẽ không có bệnh lậu.
Nguồn gốc bệnh sốt vàng hầu như cũng bí ẩn và gây nhiều tranh luận như nguồn gốc bệnh giang mai và
cũng đặt ra vấn đề tương tự về sự phân bố của bệnh này tại Cựu Thế Giới hay Tân Thế Giới trong những
giai đoạn trước thời Columbus. Vẫn còn nghi ngờ ý kiến cho rằng nền văn minh của người Maya đã bị
bệnh sốt vàng phá hủy hoặc những trận dịch của bệnh này xảy ra tại Vera Cruz và San Domingo giữa
1493 và 1496. Một số nhà dịch tễ học lập luận rằng sốt vàng, một bệnh do virus ở người qua trung gian
truyền bệnh là muỗi, đã từng gây ra các trận dịch tại châu Mỹ trước khi có người châu Âu tới đây, nhưng
những người khác tin rằng bệnh này được đem qua từ châu Phi.
Khác với tranh luận xoay quanh giang mai và sốt vàng, dường như ý kiến chung là bệnh lao đã có tại
châu Mỹ trước khi tiếp xúc với người châu Âu. Bệnh lao các dạng trong những cộng đồng có bệnh này
lưu hành, thường là do trẻ con mắc phải theo đường hô hấp. Các thương tổn ban đầu thường nằm ở phổi
và trong đó những con vi khuẩn vẫn còn sống bị bọc trong kén kín, khi gặp những điều kiện như stress
hoặc bị kích thích thì chúng tái hoạt trở lại.
Vì vậy, những thương tổn ở xương đặc trưng cho bệnh lao chỉ xảy ra trên một số ít người bị lao. Các hài
cốt và xác ướp của người cho ta bằng chứng về sự hiện diện một số bệnh tại châu Mỹ trước khi tiếp xúc
với người châu Âu, nhưng còn có quá nhiều điều không rõ ràng và khó khăn khi giải thích những nguồn
cứ liệu này. Nhờ những tiến bộ trong các kỷ thuật sinh học phân tử, các nhà nghiên cứu có thể thu được
nhiều thông tin quan trọng qua nghiên cứu những mẫu DNA thu được trên những hài cốt con người. Một
số học giả cho rằng chỉ là vô ích khi đem gắn các chẩn đoán hiện đại lên trên những hài cốt cổ xưa, mặc
dù khó mà ngăn cản ý muốn này. Những người khác lại lập luận rằng, bất kể cấu trúc xã hội có thay đổi
