Năm 1812, ngay trước khi Mỹ tuyên chiến với nước Anh, Beaumont xin được vị trí phụ tá cho bác sĩ
phẫu thuật. Những kinh nghiệm xử lý bệnh tật và vết thương của ông xảy ra đúng như câu tục ngữ “chiến
tranh là trường y khoa tốt nhất”. Hết chiến tranh, Beaumont thử mở một phòng mạch tư nhưng không
thành công và ông ta tái gia nhập vào Cục Quân Y. Ông ta được cử tới Fort Mackinac, là một tiền đồn xa
xôi ở biên giới phía tây. Đảo Mackinac, nằm trong chuỗi đảo vùng Hồ Lớn, là một tiền đồn của công ty
American Fur Company. Tại đây, Beaumont thường xuyên gặp các bệnh nhân bị sốt cách hồi, sốt chấy
rận, lỵ và phong thấp.
Vết thương do đạn bắn không phải là ít gặp, nhưng phát đạn ngẫu nhiên trúng phải vào bụng Alexis St.
Martin một thanh niên Canada gốc Pháp, năm 1822 đã tạo nên những kết quả độc đáo. Phát đạn tạo ra
một vết thương to hơn nắm tay người lớn, làm gãy nhiều xương sườn, làm rách phần dưới của thùy phổi
trái và làm thủng dạ dày. Beaumont nghĩ rằng vết thương có thể làm chết người, nhưng ông ta vẫn cố hết
sức bằng cách đắp thuốc có chứa bột mì, than, nấm men và nước nóng. Ông ta thay gạc thường xuyên,
làm sạch vết thương, bóc các mảnh vỡ, và cho trích máu khi bệnh nhân sốt. Điều ngạc nhiên là St.
Martin sống được, nhưng mọi cố gắng để làm cho vết thương khép miệng đều không thành công. Chẳng
bao lâu Beaumont nhận thấy rằng chính miệng mở dạ dày cố định của St. Martin sẽ giúp cho mình một
cơ hội độc nhất để nghiên cứu sự tiêu hóa trên một cơ thể con người khỏe mạnh. Nhiều loại thực phẩm
và thuốc được đưa trực tiếp vào dạ dày của St. Martin và nhiều mẫu dịch vị được lấy ra. Beaumont đưa
ra kế hoạch làm nhiều đợt du hành để trình diễn các thí nghiệm của mình, nhưng St. Martin lại bỏ trốn
thường xuyên. Năm 1832, Beaumont và St. Martin ký một hợp đồng trong đó cho phép Beaumont được
độc quyền tiến hành các thí nghiệm trên người St. Martin. Đây là hợp đồng đầu tiên thuộc loại này trong
lịch sử thí nghiệm khoa học trên con người. Mặc dù sau này St. Martin có phàn nàn là cảm thấy khó chịu
khi bị làm vật thí nghiệm, nhưng các thí nghiệm sinh lý học của Beaumont dường như không làm hại gì
cho St. Martin. St. Martin và bà vợ Marie đã sinh 17 người con, nhưng chỉ có 5 còn sống khi ông này
chết vào năm 1880.
Ngoài những đóng góp danh tiếng vào sinh lý học về sự tiêu hóa, sự nghiệp của Beaumont đã mang lại
các kiến thức về sự tiến hóa của giáo dục y khoa, tinh thần nghề nghiệp và ngay cả luật về sơ suất trong
thực hành y khoa vào nửa thế kỷ đầu của thế kỷ 19. Mặc dù các vụ kiện tụng về sơ suất trong thực hành
khá hiếm trong những năm 1840, Beaumont lại liên can đến hai vụ tranh tụng. Trường hợp đầu là do
Beaumont cố gắng bất thành không cứu sống được một người đàn ông bị một người thợ mộc là Darnes
Davis dùng một cây gậy sắt đánh vào đầu. Beaumont thử làm giảm áp lực sọ bằng cách khoan sọ. Khi vụ
này ra tòa năm 1840, các luật sư của Davies lý luận rằng chính Beaumont đã làm cho bệnh nhân chết vì
đã khoan một cái lỗ vào sọ bệnh nhân nhằm thực hiện các thí nghiệm trên bộ não, cũng giống như trường
hợp ông ta đã để một cái lỗ trên dạ dày của St. Martin nhằm thí nghiệm về sự tiêu hóa.
4 năm sau, Beaumont và BS Stephen Adreon bị một bệnh nhân nghèo khổ tên là Mary Dugan kiện vì tội
sơ suất khi hành nghề y. Trong những năm 1840, các bác sĩ chính quy tại khu vực St. Louis tranh đấu cho
luật kiểm soát chặt chẽ việc cấp phép hành nghề nhằm đưa cho họ quyền kiểm soát việc hành nghề y và
ngăn cấm các hoạt động của các thầy thuốc không chính quy và lang băm. Vì vậy, vụ án có khả năng trở
thành một điểm nhấn chính trong việc đưa ra các giới hạn của phạm vi trách nhiệm được coi là sơ suất
hành nghề. Mặc cho những nỗ lực của các thầy thuốc chính quy muốn đứng lên trên các đối thủ không
chính quy, xu hướng chung của thời đó thiên về việc cắt bỏ bất cứ quy định nào của tiểu bang và địa
phương về việc cấp phép hành nghề y khoa còn tồn tại. Vụ kiện về sơ suất trong hành nghề này bộc lộ
