Thông tin về chương trình chiến tranh vi trùng của chế độ Xô viết, bao gồm chương trình phát triển virus
đậu mùa thành một loại vũ khí, đã được Kanatjan Kalibekov (còn gọi là Ken Alibek) tiết lộ. Alibek đào
thoát sang Mỹ năm 1992 và cũng cảnh báo rằng các nhà khoa học thất nghiệp có thể đã bán những kho
chứa virus khi Liên xô sụp đổ. Sau đó, Alibek thử tiếp cận với một lượng độc giả lớn hơn qua quyển
sách Nguy cơ sinh học (1999), một sự kiện trong văn chương hiện đại về các vũ khí sinh học. Một báo
cáo đưa ra vào năm 2002 cho thấy một thí nghiệm thực địa của Liên xô về việc sử dụng virus đậu mùa
làm vũ khí có thể là nguyên nhân của một vụ dịch tại Aralsk, một thành phố cảng tại Kazakhstan vào
năm 1971. 10 người mắc bệnh đậu mùa và 3 người chưa tiêm chủng đã bị chết vì thể đậu mùa có xuất
huyết. 7 người sống sót là nhờ trước đó đã được tiêm chủng thường xuyên. Các toán cấp cứu đã cô lập
kiểm dịch hàng trăm người và đã tổ chức tiêm chủng cho khoảng 50.000 người trong chưa đầy hai tuần
lễ.
Ngoài việc lo lắng về mối đe dọa là bọn khủng bố có thể dùng virus đậu mùa để làm vũ khí, các nhà
virus học còn lo về khả năng xuất hiện những bệnh mới hoặc trước đây vốn là hiếm chẳng hạn như bệnh
đậu khỉ (monkeypox). Bệnh này được phát hiện đầu tiên vào thập niên 1950 trên khỉ tại Zaire. Virus
bệnh đậu khỉ trên thực tế thường gặp ở sóc, chuột và các loài gặm nhấm nhỏ tại Tây Phi và Trung Phi.
Mặc dù virus bệnh đậu khỉ chưa truyền sang người hoặc truyền từ người sang người, hàng ngàn ca rải
rác ở người đã được ghi nhận, tỷ lệ tử vong trong số các ca được báo cáo vào khoảng 10%. Việc tiêm
chủng dường như đạt hiệu quả chống lại bệnh đậu khỉ, nhưng tại các khu vực châu Phi nơi xuất hiện
virus, thì bệnh AIDS lại phổ biến, điều đó có nghĩa là nhiều người không được tiêm chủng. Cho tới năm
2003, bệnh đậu khỉ chỉ được báo cáo tại châu Phi, nhưng trên 70 trường hợp nghi ngờ đã xuất hiện tại
Mỹ trong năm 2003. Virus đến được nước Mỹ qua những con chuột túi khổng lồ xứ Gambia, được chở
bằng tàu thủy từ Ghana để bán cho các cửa hàng bán động vật làm cảnh. Nhu cầu mua các vật nuôi từ xứ
lạ đã cho phép trao đổi giữa các loài khác nhau những tác nhân gây bệnh và cuối cùng là gây nhiễm cho
người. Từ ngày 11 tháng 9 và những vụ tấn công với vi khuẩn bệnh than, người ta thường cho rằng sự
xuất hiện bất thình lình của bất cứ chứng bệnh lạ nào cũng đều do khủng bố sinh học, nhưng cũng cần
chú ý đến sự buôn bán các vật nuôi làm cảnh có nguồn gốc từ xứ lạ và các chợ bán động vật sống.
Người ta nghĩ rằng tất cả các kho dự trữ virus bệnh đậu mùa đều bị phá hủy năm 1984 ngoại trừ số virus
được lưu giữ chính thức tại tổng hành dinh của các Trung tâm Kiểm soát và phòng chống bệnh tại
Atlanta và tại một phòng thí nghiệm của chính phủ Nga tại Novosibirsk, Siberia. Kể từ khi thanh toán
xong bệnh đậu mùa, Tổ chức Y tế thế giới đã bàn cãi về số phận của hai kho chứa virus đậu mùa chính
thức còn sót lại. Trong thập niên 1990, Liên đoàn quốc tế các Hội liên hiệp Y tế Công cộng và Đại Hội
đồng Y tế thế giới đã ra lời kêu gọi tiêu hủy những kho chứa virus đậu mùa còn sót lại. Tổ chức Y tế thế
giới đưa ra kế hoạch tiêu hủy những kho chứa chính thức cuối cùng vào năm 2002, nhưng việc thực hiện
bị dời lại. Một số nhà khoa học chống đối việc tiêu hủy các kho chứa virus cuối cùng vì có khả năng
nghiên cứu để tìm ra các thứ thuốc và vaccine mới. Các nhà khoa học cho rằng virus đậu mùa chỉ tấn
công duy nhất vào con người, nhưng năm 2001, các nhà nghiên cứu có khả năng gây nhiễm cho khỉ với
một chủng có độc lực rất cao. Trên một mô hình động vật thí nghiệm, các nhà khoa học có thể tiến hành
các nghiên cứu mà trước đây không thể làm được về các thứ thuốc chống virus, vaccine, hệ thống cảm
ứng sinh học (biosensing), các yếu tố gây độc lực, tính chuyên biệt của ký chủ và nhiều thứ khác.
Nhiều chuyên gia về vũ khí sinh học tin rằng Iraq, Iran, Bắc Triều Tiên và có lẽ một số quốc gia khác
hoặc các nhóm khủng bố có lẽ đã kiếm được những chủng virus qua con đường buôn lậu. Nhằm đáp ứng
