Những người chống đối các cố gắng hợp nhất y học thay thế với y học chính thống đã cảnh báo rằng sự
trộn lẫn này sẽ làm hỏng những nền tảng của y học hiện đại và ngăn trở sự tiến bộ của ngành y sinh học.
Những người bào chữa cho nền y học hợp nhất lý luận rằng trên khắp thế giới bệnh nhân đều tìm đến các
thầy thuốc y học thay thế vì họ bất mãn với y học chính thống. Người bệnh đặc biệt chú ý đến những ảnh
hưởng của dinh dưỡng lên sức khỏe và nghi ngờ về việc sử dụng quá đà thuốc men và phẫu thuật. Những
người phê bình nền y học chính thống ghi nhận rằng các thứ thuốc kê theo đơn và những sai sót y học đã
gây nên hàng ngàn cái chết trong các bệnh viện. Ngoài ra, nhiều phương pháp thực hành và tín niệm
trong y học quy ước không hẳn đã dựa vào các thử nghiệm thử thuốc lâm sàng được ngẫu nhiên hóa.
Năm 1998, do áp lực của Quốc hội, các Viện quốc gia về Y tế đã nâng cấp Văn phòng Y học thay thế,
vốn đã được Quốc hội cấp ngân sách từ năm 1991, và thành lập Trung tâm quốc gia về Y học bổ sung và
thay thế (NCCAM). Viện mới này có nhiệm vụ đánh giá y học thay thế, hỗ trợ các thử nghiệm lâm sàng
và cung cấp thông tin cũng như tư vấn cho công chúng. Năm 2002, Ủy ban của Nhà Trắng về Chính sách
dành cho Y học thay thế đã đưa ra một báo cáo về các trị liệu thay thế cần phải được đầu tư nhiều hơn
cho nghiên cứu, được các công ty bảo hiểm chi trả nhiều hơn và được Medicare thanh toán cho những
điều trị kiểu này nhiều hơn. Nhằm đáp ứng với sự quan tâm của công chúng và chính phủ đối với các
điều trị bằng y học thay thế, các trường y khoa và các bệnh viện đại học uy tín đưa ra các chương trình
nghiên cứu về các điều trị thay thế và các chương trình trong y học hợp nhất. Thậm chí Hiệp hội Thú y
Mỹ cũng chấp nhận một số hình thức y học thay thế. Các thành viên của Hiệp hội Thú y nhất thể của Mỹ
khuyến cáo các phương thuốc thảo dược, châm cứu, liệu pháp ấn huyệt (acutherapy), đồng căn liệu pháp,
và liệu pháp chỉnh nắn cột sống dành cho động vật.
Các cố gắng để buộc các lối trị liệu y học thay thế và truyền thống phải chấp nhận sự kiểm định nghiêm
ngặt lại thường dẫn đến các kết quả nhập nhằng không đáp ứng được những đòi hỏi của những người phê
bình hay người đề xuất. Lấy ví dụ, năm 1996, Emily Rosa thiết kế một test thực nghiệm để kiểm tra một
kỹ thuật thay thế được sử dụng rộng rãi tên là “xúc giác trị liệu” (therapeutic touch). Dự án Hội chợ
Khoa học dành cho lớp 4 của cô được công bố trên tạp chí JAMA năm 1998. Những người đề xuất xúc
giác trị liệu cho rằng khi người chữa bệnh cho bàn tay của họ lướt qua cơ thể bệnh nhân nhưng không
thực sự chạm vào, thì họ có thể làm giảm đi các triệu chứng của bệnh bằng cách sắp xếp và tạo sự cân
bằng của các trường năng lượng bị khiếm khuyết. Tuy nhiên, khi bị ngăn cách bằng một tấm màn che với
người khảo sát, 21 thầy thuốc tham gia vào nghiên cứu của Rosa không thể nào phát hiện được năng
lượng của người khảo sát ngoài sự may rủi. Các thầy thuốc phản đối kết luận từ thí nghiệm và cho rằng
trong số những tác giả của nghiên cứu có những người hoài nghi thuộc Nhóm nghiên cứu quốc gia về
cảm xúc trị liệu và Nhóm theo dõi trò lang băm (Quackwatch).
Các nhà lãnh đạo của Quackwatch cảnh báo rằng tình trạng ngày càng được chấp nhận nhiều hơn của
nền y học hợp nhất mà tiêu biểu là sự ra đời của tổ chức NCCAM có thể sẽ không thu nạp được nền y
học thay thế như xu hướng mong đợi. Có lẽ, như những người hoài nghi cảnh báo, sự dàn xếp có thể sẽ
làm cho ngành y trở nên đa dạng, không được kiểm soát, không chỉnh đốn, và thủ đoạn lang băm. Tuy
nhiên, các bệnh viện, các trung tâm y học hàn lâm, và các trường y khoa đang cố gắng thu hút các bệnh
nhân mới và người tiêu dùng qua các chương trình làm tăng sự sung mãn, giảm stress, yoga, thiền định,
xoa bóp, liệu pháp phản hồi sinh học (biofeedback), Shirodhara (nhỏ lên trán từng giọt dầu mè ấm có pha
thảo dược), ấn huyệt, xông hương liệu pháp và nhiều thứ khác. Hiệp hội Bệnh viện Hoa kỳ nhận thấy
