chất lây nhiễm (1546) của Girolamo Fracastoro thường được coi như tài liệu trình bày sớm nhất về học
thuyết bệnh là do vi trùng, nhưng Giovanni Cosimo Bonomo (1663-1696) mới chính là người đầu tiên
trình bày một cách thuyết phục rằng một bệnh lây ở người có nguyên nhân là một thứ ký sinh vật mà mắt
thường hầu như không thấy được. Bonomo chứng minh rằng bệnh ghẻ là do một thứ sinh vật rất nhỏ
hình con rùa (ngày nay ta gọi là cái ghẻ Sarcoptes scabiei var. hominis) có thể thấy được bằng mắt
thường. Khi con cái đào hầm dưới da và đẻ trứng, đó là lúc ký chủ kém may mắn nổi mẩn và bị ngứa dữ
dội. Con ghẻ có thể được lây truyền trực tiếp từ người sang người khi sử dụng chung quần áo, chăn đệm
với người bị “ngứa”. Sarcoptes scabiei cũng có thể gây bệnh cho mèo, chó, ngựa, trâu bò, lợn và các
động vật hoang dã, nói chung là bệnh ghẻ lở (mange). Tuy nhiên, con ghẻ chỉ là một thứ hiếm gặp khá
thú vị hơn là một ví dụ có thể áp dụng cho những bệnh khác.
Thuyết vật lây nhiễm còn được chứng minh trong những nghiên cứu về bệnh của tằm. Agostino Bassi
(1773-1857) nhận thấy có thể cho lây chứng bệnh nấm hại tằm (muscardine) sang những con tằm khỏe
bằng cách tiêm vào chúng những chất lấy từ những con tằm chết vì bệnh này. Theo Bassi, muscardine do
một thứ thực vật sống rất nhỏ hoặc vi nấm kí sinh. Bassi cho rằng những bệnh lây nhiễm khác cũng có
thể do những ký sinh vật tương tự. Vi nấm gây ra bệnh muscardine sau này được đặt tên Botrytis
bassiana để vinh danh cho Bassi. Johann Lucas Schölein (1793-1864) tìm ra nguyên nhân bệnh lác đồng
tiền (ringworm) là nhờ công trình của Bassi trên bệnh muscardine. Năm 1839, Schölein, giáo sư y khoa
tại Zurich, báo cáo tìm được một thứ vi nấm trong chất mủ của lác đồng tiền. Không giống như Bassi
văn hoa, Schölein trình bày mối liên hệ giữa ký sinh vật và bệnh chỉ vỏn vẹn có 200 từ.
Khi Jacob Henle (1809-1895), giáo sư môn giải phẫu học tại Zurich, công bố Bàn về Chướng Khí và chất
lây bệnh năm 1840, có nhiều ví dụ về các ký sinh vật li ti được coi là tác nhân gây bệnh đã bổ sung vào
danh sách của bệnh hại tằm muscardine và bệnh ngứa do cái ghẻ. Sau khi đánh giá nghiêm túc bằng
chứng thực nghiệm, Henle bàn về bản chất của các chứng cứ cần phải có để xác lập mối quan hệ nhân
quả giữa vi sinh vật và bệnh. Mặc dù có thể kết nối báo cáo của Fracastoro về chất lây nhiễm và chướng
khí với giả thiết của Henle, nhưng do phạm vi hoạt động của họ và thời gian cách nhau nhiều thế kỷ
khiến cho ý nghĩa của những từ họ sử dụng chướng khí và chất lây nhiễm có ý nghĩa rất khác nhau.
Henle lý luận rằng tuy các thầy thuốc gán bệnh là do chướng khí, mà họ định nghĩa như một thứ gì đó
hòa trong không khí và gây độc cho không khí, nhưng chưa có người nào chứng minh được khí độc đó là
gì với các dụng cụ khoa học. Thành thử, qua cách loại suy, chướng khí được coi là nguyên nhân duy
nhất, do không chứng minh được nguyên nhân nào khác.
Theo giả thuyết của Henle, sinh vật gây nên các bệnh lây bởi vì bất luận bản chất bệnh tật của bệnh như
thế nào, những sinh vật này rõ ràng có khả năng tăng trưởng bên trong cơ thể người bệnh. Căn cứ trên
thực tế là một chút mủ lấy từ mụn mủ đậu mùa có thể dùng để gây nhiễm cho rất nhiều người, cho nên
chất lây nhiễm phải là một thực thể hoạt động có thể tăng sinh trong cơ thể con người. Các hóa chất, độc
tố và nọc độc sẽ không thay đổi về số lượng. Theo định nghĩa, chỉ có những thứ sống thì mới có khả
năng tăng trưởng và tăng sinh.
Ta chỉ có thể giải thích hợp lý diễn biến tự nhiên của các vụ dịch khi giả định rằng nguyên nhân là một
tác nhân sống được thải ra từ người bệnh. Nếu tác nhân này được thải ra từ phổi, nó có thể chuyển dễ
dàng sang người khác qua không khí. Nếu thải ra từ hệ thống dạ dày ruột, chúng sẽ xâm nhập vào hệ
thống cống và giếng nước. Sau khi thừa nhận rằng không có đủ bằng chứng cần có để chứng minh lý
