Nhiều bài thuốc nhiều khi nhắc đến những thành phần khó hiểu, lạ lẫm hoặc dường như không thể nào
có được, ít nhất là trong các bản dịch, chẳng hạn như lông vũ của thần Thot hoặc mắt của Trời, có thể là
những tên gọi bí hiểm hoặc căn cứ trên hình tượng của các loại thảo dược thông thường. Chắc chắn là
các dược sĩ Ai Cập sẽ chế giễu những đơn thuốc có những tên như: chiếc găng tay của con chồn (fox’s
glove tức là cây mao địa hoàng có chứa digitalis); quý bà xinh đẹp (belladonna= cà độc dược), hoặc vịt
đực (mandrake= cây khoai ma).
Trong tài liệu y học viết trên giấy cói của Ebers có khoảng 700 thứ thuốc, được kết hợp theo nhiều cách
tạo thành trên 800 công thức. Thuốc được sử dụng dưới dạng thuốc mỡ, thuốc đắp, xông khói, hít, nuốt
khói, súc họng, thuốc đạn, thuốc thụt tháo và nhiều thứ khác. Chắc chắn là các thầy thuốc phải nhờ đến
các cộng sự hoặc người đi thu hái thuốc, nhưng đôi khi họ cũng tự chế lấy thuốc. Khác với tục lệ vùng
Lưỡng Hà, các đơn thuốc Ai Cập bao giờ cũng chính xác về liều lượng.
Mặc dù các thành phần thường được cân đo theo thể tích hơn là trọng lượng, các dụng cụ được sử dụng
trong bào chế thuốc là cân, cũng như cối giã, cối xay và sàng.
Những bài thuốc được làm phép bằng thần chú được sử dụng để đóng và mở đường tiêu hóa, gây ói, trục
giun sán và ma quỷ, chữa các chứng sốt, bệnh thấp, ho, đi tiểu ra máu, kiết lỵ và rất nhiều bệnh khác.
Các bệnh chảy máu, vết thương, vết cắn do cá sấu đều có thể băng bó bằng một hỗn dịch gồm có đất,
mật ong, và hạt lúa mạch rang, sau đó phủ lại bằng thịt tươi. Những đơn thuốc khác gồm có phân cá sấu,
nước tiểu của người, nhựa trầm hương, hạt đậu, hạt chà là, trứng đà điểu. Vàng, bạc và các đá quý được
coi là thịt và chân tay của các vị thần, do đó người ta dùng những thứ này để làm bùa và phù chú đuổi tà.
Những khoáng chất ít lạ lẫm khác như lưu huỳnh, bột muối nở và muối kim loại nặng, thường được dùng
để trị các bệnh ngoài da, nhưng có một thứ thuốc mỡ kỳ lạ là lấy con ếch đốt rồi cho vào trong dầu. Các
chất khoáng được sử dụng dưới dạng tự nhiên hoặc dạng bột tái sử dụng lấy từ mảnh gốm, gạch vỡ hoặc
đá cối xay.
Bệnh về mắt hiển nhiên là một vấn đề tại Ai Cập thời cổ đại cũng như tại nhiều nơi khác ngày nay tại
Trung Đông, Ấn Độ và châu Phi. Mù mắt không phải là ít, như được đề cập trong các tài liệu và tranh vẽ.
Đối với một rối loạn ở mắt có lẽ là bệnh quáng gà (dấu hiệu thường gặp trong bệnh thiếu vitamin A), thì
gan bò nướng là món thuốc được khuyến cáo nhiều nhất. Một món thuốc khác dành cho giảm thị lực
gồm có mật ong, đất son, và chất dịch trong mắt heo, người thầy thuốc trộn đều và đổ vào tai của người
bệnh.
Phong thấp là chẩn đoán dựa trên mô tả của người bệnh bị đau mạn tính ở vùng cổ, tay chân và các khớp.
Cách điều trị cho chứng đau này gồm có xoa bóp chỗ đau với đất sét hoặc bùn, và tra thuốc mỡ có chứa
thảo dược, mỡ động vật, lá lách bò, mật ong, cặn rượu vang và nhiều thứ không rõ nguồn gốc. Cũng có
khuyến cáo đắp một vài thứ thuốc vào ngón chân cái cho thấy bệnh gút là một trong các thứ bệnh gây
đau nhức. Không phải tất cả các đơn thuốc ghi trên tài liệu giấy cói đều liên quan đến những tình trạng
nguy hiểm tính mạng. Các tài liệu y học cũng còn chứa các đơn thuốc dùng cho thẩm mỹ và phục hồi tóc
chẳng hạn như một hỗn dịch dầu trộn với bột lông nhím đốt cháy. Một món thuốc tài tình có thể làm cho
kẻ mình ghét bị rụng tóc khi bôi lên đầu người đó. Mỹ phẩm thường chỉ phản ảnh sự phù phiếm và mốt
thời trang, nhưng các loại thuốc mỡ làm sạch, nước hoa và bột màu có lẽ đem lại tác dụng làm se da và
sát trùng.