Có lẽ khía cạnh nhiều ấn tượng nhất của nền y học Ấn Độ cổ đại là phạm vi của các can thiệp ngoại khoa
và mức độ thành công được các môn đồ của Susruta và Caraka đưa ra. Các câu chuyện thần thoại Vệ Đà
đề cập đến các phẫu thuật xuất sắc thực hiện trên người và thần thánh, chẳng hạn như phương thuốc chữa
bệnh bất lực bằng cách ghép tinh hoàn của một con cừu đực cho thần Indra bị bệnh. Các tài liệu
Ayurvedic mô tả các phẫu thuật đã quá quen thuộc nhưng vẫn còn đáng sợ ví dụ mổ bắt con (cesarean),
mổ lấy sỏi ở bàng quang, đánh mộng đục thủy tinh thể, cắt a-mi-đan, cắt chân tay và giải phẫu tạo hình.
Như vậy, truyền thống phẫu thuật Ayurvedic đề ra một sự thách thức thú vị đối với các giả định của
phương Tây rằng cần phải có môn giải phẫu có hệ thống cơ thể con người, mổ xác súc vật còn sống và
sự loại bỏ bệnh lý học thể dịch mới đem lại được sự tiến bộ trong phẫu thuật. Tại Ấn Độ thời cổ đại, các
thầy thuốc ngoại khoa đã thực hiện thành thạo nhiều đại phẫu mà không cần phải quan tâm đến các điều
kiện tưởng chừng bắt buộc như trên.
Nếu con dao được chấp nhận sử dụng trong điều trị tại Ấn Độ, thì đối với các giai cấp lớp trên, việc tiếp
xúc với xác chết và sử dụng dao mổ trên người chết đều không được phong tục và tôn giáo cho phép.
Tuy nhiên, Susruta dạy rằng các thầy thuốc nội khoa và ngoại khoa phải nghiên cứu cơ thể con người
bằng các quan sát trực tiếp để có được phần kiến thức cơ bản về cấu trúc và chức năng của các bộ phận
trong cơ thể. Trong khi thừa nhận những cấm kỵ tôn giáo không cho phép tiếp xúc với xác chết, Susruta
công nhận rằng việc nghiên cứu khoa giải phẫu học -khoa học của con người - là một hình thức kiến thức
gắn kết với các hiện tượng cao hơn bao gồm sự liên hệ giữa con người và thần thánh.
Trong khi tìm cách thoát khỏi sự cấm đoán tôn giáo không cho phép mổ xác chết, Susruta đưa ra một
phương cách ít gặp để thăm dò cơ thể. Phù hợp cho việc mổ xác nếu đó là một cái xác toàn vẹn, không
quá già hoặc quá trẻ, chết không do bệnh dài ngày hoặc bị ngộ độc. Sau khi loại bỏ phân ở trong ruột,
nhà giải phẫu học sẽ dùng cỏ phủ lên thi thể và đem đặt vào trong một chiếc lồng làm bằng lưới mịn, rồi
nhúng sâu vào một cái ao vắng. 7 ngày sau đó, nhà giải phẫu học có thể bóc dần từng lớp da và cơ bằng
cách chà xát nhẹ trên cơ thể bằng cọ mềm. Theo Susruta, thì cách này sẽ làm lộ ra và sờ được những
phần nhỏ nhất của cơ thể. Tuy nhiên, không có mấy bằng chứng cho thấy các thầy y khoa Ayurvedic đã
theo chỉ dẫn của Susruta về cách mổ xác.
Tất cả các sinh viên đều buộc phải thành thạo một khía cạnh của môn giải phẫu học con người là toàn bộ
hệ thống các marma, “điểm cốt tử” (vital points) được phân bố trên khắp cơ thể. Đây là những điểm hội
tụ của tĩnh mạch, động mạch, dây chằng, khớp và cơ và là nơi mà nếu bị tương tổn có thể sẽ gây tử vong
hoặc tàn phế. Hệ thống cổ điển nêu ra 107 điểm như thế, mỗi điểm có tên riêng và đặc trưng riêng. Khi
khám một người bị thương, việc đầu tiên của thầy thuốc là xác định xem vết thương có nằm trên một
trong những marma hay không. Nếu vết thương nằm trên một marma có thể dẫn đến tử vong, thầy thuốc
mổ xẻ sẽ cắt chi ở một vị trí phù hợp nằm phía trên marma. Khi trích huyết, hoặc bất cứ hình thức can
thiệp ngoại khoa nào, đều phải tránh gây thương tổn cho các marma.
Trích máu và đốt cầm máu nằm trong nhóm các thủ thuật được thực hiện thường xuyên nhất. Susruta dạy
rằng, đốt cầm máu là phương pháp ưa chuộng để điều trị xuất huyết và những bệnh dùng thuốc không
khỏi. Ngoài ra, ông cũng tin rằng cách đốt bằng thỏi sắt nướng cháy đỏ có ưu thế hơn nhiều so với cách
đốt bằng hóa chất. Trích huyết được coi là cách điều trị tốt nhất, nhưng phải được thực hiện một cách
thận trọng bởi vì máu là nguồn gốc của sức mạnh, sự linh hoạt và trường thọ. Cho con đỉa hút máu được
khuyến cáo là hình thức trích huyết phù hợp nhất bởi vì người ta nghĩ rằng chúng ưa hút thứ máu xấu
hơn là máu lành mạnh.