Nhiều ngành khoa học đã phát triển mạnh tại Alexandria, mặc dù việc nghiên cứu chủ yếu chỉ hướng vào
những ngành có ứng dụng thực tiễn như y học và kỹ thuật. Các chuyên gia y học được cho là đã giám sát
các việc xử lý môi trường của thành phố và quân đội và đào tạo bác sĩ quân y. Quan trọng nhất là, có một
thời gian tuy ngắn ngủi và hiếm hoi, việc mổ xác người không những được chấp nhận mà lại được
khuyến khích mạnh. Có lẽ truyền thống mổ banh xác ra để lấy đi một số bộ phận cơ thể trong nghi thức
ướp xác của người Ai Cập đã giúp cho họ vượt qua được ác cảm truyền thống của người Hy Lạp đối với
việc cắt xẻo cơ thể người chết. Các nhà khoa học thành Alexandria đã tham gia xây dựng hai chủ đề
chính của lý thuyết y học phương Tây: một là việc giải phẫu theo hệ thống cho ta biết được những thông
tin cơ bản về cấu trúc và chức năng của cơ thể; hai là, kiến thức này tự nó cũng đã có giá trị, ngay cả khi
trước mắt chẳng đưa lại giá trị thực tiễn nào trong y học lâm sàng, chăm sóc người bệnh hoặc y tế công
cộng.
Đối với y học, thời kỳ Hy Lạp (xấp xỉ từ lúc Alexander mất đến năm 30 trước CN, khi người La Mã sáp
nhập Ai Cập) là thời kỳ nổi tiếng nhất đối với công trình của các nhà giải phẫu học nổi tiếng nhất hoặc
tai tiếng nhất - Herophilus (khoảng 330/320-260/250 trước CN) và Erasistratus (khoảng 310-250 trước
CN). Tiếc thay, không có nhiều thông tin trực tiếp về thời kỳ Alexandria được lưu giữ cho nên mối liên
hệ chính xác giữa các nhà giải phẫu học này và thành phố Alexandria vẫn còn chưa rõ. Các sử gia nhất
trí rằng cả Herophilus lẫn Erasistratus đều là các nhà giải phẫu học khéo tay đã tận tình lợi dụng cơ hội
để tiến hành các nghiên cứu trên cơ thể con người, nhưng vẫn còn chưa rõ là liệu các nhà giải phẫu học
của thời kỳ này có thực hiện một số trong các nghiên cứu của họ trên con người sống hoặc chỉ khu trú
vào việc mổ xác chết. Các nhà giải phẫu học cũng sử dụng bệnh nhân và sinh viên của mình làm vật thí
nghiệm trong các nghiên cứu ít xâm lấn hơn. Khi các nhà thần học Thiên Chúa giáo như Tertullian và St.
Augustine muốn tìm bằng chứng để tố cáo các hành động ghê tởm của bọn ngoại đạo, họ chỉ ngay vào
Herophilus tiếng tăm và tố cáo ông ta đã hành hạ 600 người cho đến chết. Nhà bách khoa La Mã Celsus
đã kết tội Herophilus và Erasistratus đã thực hiện mổ sống trên các tù nhân do nhà cầm quyền
Alexandria giao cho họ. Trong lúc những người kết tội này rõ ràng không nhìn thấy tận mắt sự việc, một
số sử gia chấp nhận luận điệu của họ, một số giữ thái độ hoài nghi.
Mức độ và thậm chí sự hiện diện của việc mổ trên người sống trong thời kỳ Alexandria vẫn còn lắm
tranh luận bởi vì những tài liệu của Herophilus và Erasistratus không còn và chúng ta chỉ biết qua những
lời chỉ trích từ kẻ thù của họ. Không thể coi những lời tố cáo xuất hiện hàng trăm năm sau đó là bằng
chứng dứt khoát, nhưng cũng không có lý do gì
