Huyền Quang làm Quyền Viện Trưởng Viện Hóa Đạo và vẫn tiếp tục sinh
hoạt. Để chấm dứt tình trạng này, Nhà cầm quyền đã bắt giam hay đưa đi
an trí các tăng sĩ chống đối.
Ngày 25.2.1982, Hòa Thượng Huyền Quang (quê Bình Định), Quyền Viện
Trưởng Viện Hóa Đạo Ấn Quang, đã bị công an bắt tại Saigon và đưa đi an
trí ở chùa Hội Phước trong thành phố Quảng Ngãi. Chùa này do các sư
quốc doanh quản lý.
Cùng ngày nói trên, Hòa Thượng Thích Quảng Độ (quê Thái Bình), Tổng
Thư Ký Viện Hóa Đạo Ấn Quang, được công an thành phố Hồ Chí Minh
mời tới rồi giữ luôn và đưa ra an trí tại làng Vũ Thu thuộc tỉnh Thái Bình,
miền Bắc Việt Nam.
Tháng 8 năm 1985, Hòa Thượng Thích Đức Nhuận (quê Nam Định) bị bắt
giam và truy tố về tội "hoạt động nhằm lật đổ chính quyền nhân dân". Ông
bị đưa ra tòa xét xử vào tháng 9 năm 1988 và bị tuyên phạt 10 năm tù, sau
đó bị chuyển ra trại Hàm Tân ở Bình Tuy.
Kể từ năm 1977, nhà cầm quyền Cộng Sản Việt Nam đã bắt giam, truy tố,
đưa đi cải tạo hay an trí một số đông tăng sĩ được coi là có hành vi chống
đối chế độ. Sau đây là một số tăng sĩ quan trọng trong Giáo Hội Ấn Quang
đã từng bị giam giữ :
* Các tăng sĩ bị tuyên án chung thân khổ sai hay 20 năm khổ sai :
- Ở trại Xuân Lộc : Thích Trí Siêu (tức Lê Mạnh Thát, sinh 1943, quê
Quảng Trị), Thích Nguyên Giác (sinh năm 1951, quê Thừa Thiên), Thích
Nguyên Thể, Thích Minh Sử và Thích Trí Giác.
- Ở trại Xuân Phước, Phú Yên : Thích Thiện Tấn (tức Thái Thanh Hùng,
sinh 1945 tại Thừa Thiên), Thích Tâm Căn (Nguyễn Hữu Tín), Thích Thiện
Minh (tức Huỳnh Văn Ba, 49 tuổi), Thích Tuệ Sỹ (tức Phạm Văn Thương,
sinh 1943 tại Lào) và Thích Phước Viên (tức Lê Hiền, 44 tuổi, quê Thừa
Thiên).
* Các tăng sĩ bị tập trung cải tạo: Thích Thiện Minh (tức Đỗ Xuân Hàng,
học tập cải tạo tại Bình Tuy, đã chết vào tháng 10 năm 1978), Thích Thông
Bửu (Quyền Tổng Vụ Trưởng Tổng Vụ Cư Sĩ), Thích Thuyền Ấn (Tổng
Vụ Trưởng Tổng Vụ Hoằng Pháp, đã qua Hoa Kỳ), Thích Thông Tuệ