được Hội Phật Giáo miền Bắc vào Giáo Hội Ấn Quang, ông và các tăng sĩ
trong Giáo Hội Ấn Quang đã tổ chức Đại Hội Phật Giáo kỳ 7 để củng cố
nội bộ và quay lại chống chính quyền. Trong cuộc lục soát chùa Ấn Quang
của lực lượng an ninh vào đêm 6.4.1977, ông đã bị bắt giam cùng với một
số tăng sĩ khác. Ông đã bị truy tố và đưa ra Tòa án Nhân Dân tại Saigon xét
xử ngày 8.12.1978 . Ông bị phạt hai năm tù treo. Trong phiên tòa nói trên,
Viện Kiểm Sát có đọc lời tự thú của ông khi bị giam ở công an như sau :
"Từ trước đến nay, chủ trương của chúng tôi là bất hợp tác với chính
quyền. Chúng tôi xin xác nhận rằng, trong quá khứ cũng như từ sau ngày
giải phóng hoàn toàn miền Nam, chúng tôi có những việc làm sai trái với
đường lối chính sách, luật pháp của chính quyền. Những tội lỗi là do chúng
tôi gây ra."(3)
Tháng 11 năm 1981, Giáo Hội Phật Giáo quốc doanh được thành lập và nhà
cầm quyền coi như Giáo Hội Ấn Quang đã gia nhập vào Giáo Hội này,
nhưng ông và một số tăng sĩ trong Viện Hoá Đạo đã chống lại việc sát nhập
đó. Ông được cử làm Quyền Viện Trưởng Viện Hóa Đạo thay thế Hòa
Thượng Thích Trí Thủ đã đi vào Giáo Hội quốc doanh nên tháng 2 năm
1982 ông bị bắt và bị chỉ định cư trú tại chùa Hội Phước, xã Nghĩa Chánh,
trong thị xã Quảng Ngãi.
Người Pháp nói : "Le style c’est l’homme." (văn là người). Đọc "Đơn cứu
xét nhiều việc" đề ngày 25.6.1992 gởi nhà cầm quyền Cộng Sản Hà Nội do
Hòa Thượng Thích Huyền Quang viết, chúng ta biết được kiến thức, những
suy tư và quan điểm chính trị của ông. Lúc đầu, ông Võ Văn Ái đã cắt xén
và trau chuốt cả hình thức lẫn nội dung lá đơn này lại trước khi phổ biến.
Nhưng khi nhận được bản sao toàn văn của đơn này, mọi người đã thất
vọng. Các nhân sĩ Phật Giáo lấy làm tiếc về những lời ông đã viết trong
đơn. Nhìn chung, qua lá đơn này, người ta thấy kiến thức và sự hiểu biết
của ông rất giới hạn nên ông có nhiều nhận định sai lầm. Ông lại có tinh
thần đố kỵ Thiên Chúa Giáo. Bất cứ lúc nào có cơ hội, ông đều đưa Thiên
Chúa Giáo ra để suy tỵ hay mỉa mai. Trong "Đơn xin cứu xét nhiều việc",
ông hỏi tại sao Nhà Nước quốc doanh hóa Phật Giáo Ấn Quang mà không
quốc doanh hóa Giáo Hội Thiên Chúa Giáo ? Phải chăng Nhà Nước đã