kiểm soát. Sau Hiệp Định Genève 1954, lúc ông hoạt động ở Nha Trang,
lúc ông lại về chùa Từ Đàm ở Huế.
Trong cuộc tranh đấu chống chính quyền Ngô Đình Diệm ông là Trưởng
Phái Đoàn Ủy Ban Liên Phái Phật Giáo thương lượng với Phó Tổng Thống
Nguyễn Ngọc Thơ. Sau khi chế độ Ngô Đình Diệm bị lật đổ, ông cùng với
Thượng Tọa Thích Trí Quang thành lập Hội Đồng Nhân Dân Cứu Quốc
phát động chiến dịch đánh phá ở miền Trung. Đầu tháng 4 năm 1966, ông
tuyên bố sinh viên Saigon đã nhận 5 triệu của chính phủ để không tham gia
đấu tranh. Ngày 13.4.1966, sinh viên của 14 phân khoa Đại Học Saigon
họp báo yêu cầu ông đưa bằng chứng về vụ này, nếu ông không xuất trình
bằng chứng, sinh viên sẽ tuyệt thực 48 tiếng đồng hồ để phản đối. Ngày
17.4.1966, ông phải gởi một thư ngỏ cho sinh viên nói ông không hề tuyên
bố như vậy, đây chỉ là một sự hiểu lầm.
Lúc 10 giờ 30 ngày 1.6.1966, ông vừa đến trụ sở Tổng Hội Thanh Niên ở
đường Công Lý thì bị một kẻ lạ mặt ném lựu đạn và bị thương nặng. Vụ
này không được Giáo Hội Phật Giáo Ấn Quang làm lớn chuyện như các vụ
khác. Theo Thượng Tọa Thích Huyền Minh thì vụ nầy chỉ liên quan về nội
bộ, do những sự tranh chấp về chính trị và tài chánh. Điều này chứng tỏ
đang có một sự nứt rạn giữa ông và Thích Trí Quang. Thông thường thì
Thượng Tọa Thích Trí Quang không từ bỏ bất cứ một cơ hội nào để xách
động quần chúng, nhưng ông đã không khai thác vụ Thích Thiện Minh bị
mưu sát.
Sau khi các phong trào đấu tranh miền Trung bị dẹp tan (xem ở Chương
IV), Thượng Tọa Thích Thiện Minh bắt đầu đứng hẳn về lập trường của
Mặt Trận Giải Phóng Miền Nam. Nhưng sự nứt rạn giữa ông và Thượng
Tọa Thích Trí Quang trở nên trầm trọng hơn. Năm 1968, ông tách ra khỏi
các tổ chức của Thích Trí Quang và thành lập một tổ chức mới gọi là Phật
Xã Đảng (tức Đảng Xã Hội Phật Giáo). Tuy nhiên, đảng của ông không thu
hút được Phật tử vì miền Nam không phải là địa bàn hoạt động quen thuộc
của ông. Từ năm 1969, ông bất đầu đi thuyết pháp khắp nơi, nhất là các
tỉnh miền Tây, tố cáo sự độc tài và tham nhũng của chính quyền. Ông
thường tố cáo mà không cần dẫn chứng các điều ông tố cáo.