Ngày 25.2.1969, cơ quan an ninh lục soát Tịnh xá Quảng Đức, nơi Thích
Thiện Minh cư trú và hoạt động, tìm thấy một số võ khí, các tài liệu tuyên
truyền cho Việt Cộng và nhiều thanh niên trốn quân dịch. Thích Thiện
Minh đã bị bắt giữ và bị truy tố ra Tòa. Trong phiên tòa ngày 15.3.1969,
Tòa án Quân Sự Mặt Trận Vùng III đã tuyên phạt ông 10 năm khổ sai và 5
năm cấm cố. Khi bản án này được công bố trên đài phát thanh và trên báo
chí, thì chỉ ngày hôm sau đài phát thanh Hà Nội đã cho đọc một bản tuyên
bố của Hòa Thượng Thích Đôn Hậu ở miền Bắc, nhân danh Phó Chủ Tịch
Liên Minh Dân Tộc, Dân Chủ và Hòa Bình, phản kháng vụ bắt giam Thích
Thiện Minh, kêu gọi Phật tử đứng lên lật đổ chính quyền miền Nam và lập
một nội các hòa bình để nói chuyện với Mặt Trận Giải Phóng Miền Nam.
Nhờ các cuộc thương lượng ôn hòa giữa Viện Hóa Đạo Ấn Quang và chính
phủ, ngày 30.11.1969 Thượng Tọa Thích Thiện Minh đã được ân xá.
Năm 1970, ông cầm đầu Phái Đoàn Phật Giáo Ấn Quang đi dự Hội Nghị
Thế Giới về Tôn Giáo và Hòa Bình ở Nhật và đưa ra Tuyên Ngôn 6 điểm
giống hệt các đề nghị của Hà Nội tại hòa đàm Paris : Mỹ ngưng ném bom
B-52, ngưng các cuộc hành quân bình định tại miền Nam, thả hết các tù
cộng sản đang bị giam giữ, Mỹ rút và giải tán chính quyền bù nhìn Nguyễn
Văn Thiệu, v.v. .
Hiệp Định Paris vừa được ký kết ngày 27.1.1973, Thượng Tọa Thích Thiện
Minh đã ra thông bạch tuyên bố thành lập ngay Lực Lượng Hòa Giải Dân
Tộc và giao cho Luật Sư Vũ Văn Mẫu làm Chủ Tịch. Mục tiêu của lực
lượng này là quy tụ các thành phần thân Cộng để đưa vào Hội Đồng Quốc
Gia Hòa Giải Hòa Hợp dự liệu trong Hiệp Định, giúp Việt Cộng chiếm đa
số trong Hội Đồng.
Sau 30.4.1975, ông cũng góp phần với Thượng Tọa Thích Mãn Giác trong
việc tổ chức mừng "giải phóng" ngày 15.5.1975 và lễ sinh nhật "bác Hồ"
ngày 19.5.1975. Nhưng sau khi sau khi mưu tìm một sự thống nhất Phật
Giáo dưới quyền lãnh đạo của Giáo Hội Ấn Quang bị Việt Cộng ngăn chận,
ông cũng như đa số các tăng sĩ trong khối Ấn Quang quay lại chống đối chế
độ. Sau khi công an lục soát chùa Ấn Quang vào ngày 6.4.1977, ông bị bắt
cùng một số tăng sĩ khác. Đầu tiên ông bị giam ở công an, sau đưa vào