Thị trấn giờ đây đã rơi vào tay Alexander, và ngài chuyển hướng chú ý
tới những người đã trốn thoát tới hòn đảo nhỏ. Bờ biển của hòn đảo này
dốc và việc đổ bộ lên đó cũng giống như việc bắc thang trèo lên tường
thành vậy; Alexander đã biến việc này trở nên dễ dàng hơn nhiều bằng cách
cố định những thang leo tường thành vào phần đầu của thuyền – tuy nhiên,
khi nhận thấy rằng những kẻ chạy trốn, khoảng 300 lính đánh thuê Hy Lạp,
sẵn sàng chiến đấu tới chết, ngài đã bị cảm động bởi lòng dũng cảm và
trung thành của họ. Alexander đã không trừng phạt họ với điều kiện những
người này phải quy phục ngài. Tất cả những người Miletus không bị giết
khi thị trấn bị chiếm đóng đều được Alexander thả tự do.
Trong lúc đó, quân Ba Tư tiếp tục sử dụng Mycale như một căn cứ để
quấy nhiễu hạm đội Hy Lạp tại Miletus. Hằng ngày, họ di chuyển về phía
Miletus với hy vọng kích động được mâu thuẫn; tối đến, họ giữ nguyên vị
trí mặc dù đây chẳng phải là một nơi an toàn lắm, vì họ bị bắt buộc phải lấy
nước cho hạm đội từ Maeander, ở cách đó một quãng đường dài.
Alexander vẫn giữ hạm đội tại cảng biển nhằm tránh việc quân Ba Tư tấn
công mở lối vào. Ngài đã hạ lệnh cho Philotas tuần tra khắp đường bờ biển
của Mycale cùng với quân kỵ binh và ba chiến hữu bộ binh, ngăn quân Ba
Tư đổ bộ lên bờ. Hệ quả là, việc thiếu nước và những quân nhu khác khiến
toàn bộ thủy thủ Ba Tư lâm vào tình trạng khốn đốn; bởi vậy, họ đã bơi
thuyền tới Samos, chất đầy thuyền những thứ họ cần, và trở về Miletus. Rời
cảng biển, họ đã bày trận cùng với đội hình chính của hạm đội, hy vọng
nhử quân Macedonia vào vùng nước sâu, trong khi năm con tàu của họ tiếp
tục tới vùng biển đã được bảo vệ giữa Lade và vị trí đóng quân của
Macedonia trên bờ biển. Họ nghĩ rằng đó hẳn là một cơ hội gây bất ngờ cho
hạm đội của Alexander khi không có ai trên tàu, vì họ đã được kể rằng hầu
hết các thủy thủ đã được giao những nhiệm vụ khác, chẳng hạn như kiếm
củi đốt, hoặc đi cắt cỏ hay tìm kiếm nguồn lương thực. Một vài người lính
quả thực đã đi ra ngoài, nhưng số người còn lại vẫn đủ để đảm nhận nhiệm
vụ. Khi Alexander thấy năm tàu chiến của địch đang tiến tới, ngài đã ngay
lập tức cử mười tàu chiến sẵn sàng đâm thủng chúng. Năm tàu chiến của
