Nói chung, một con đường truyền đạt tín hiệu có thể điều chỉnh một hoặc
nhiều hoạt động của tế bào. Trong đa số trường hợp, sự đáp ứng như thế đối
với kích thích là do sự gia tăng hoạt tính của enzym. Có hai cơ chế chính
làm tăng hoạt tính enzym. Cơ chế thứ nhất là do sự kích hoạt phiên mã
mARN để tổng hợp enzym (điều chỉnh phiên mã). Cơ chế thứ hai là do sự
hoạt hóa các phân tử enzym (điều chỉnh sau dịch mã).
a) Điều chỉnh phiên mã
Các nhân tố phiên mã bám trực tiếp vào các miền đặc trưng của phân tử
ADN và kiểm tra sự phiên mã của nhiều gen đặc trưng. Trong trường hợp
của phytocrom kích thích sự giải úa nhạt, do sự đáp ứng với điều kiện ánh
sáng thích hợp, có nhiều nhân tố phiên mã được hoạt hóa qua sự photphorin
hóa. Sự hoạt hóa của các nhân tố phiên mã này tùy thuộc vào GMP vòng
hoặc Ca2+.
Sự hoạt hóa phiên mã có thể xảy ra theo cách dương tính (tăng cường sự
phiên mã), hoặc âm tính (giảm thấp sự phiên mã). Ví dụ: Đối với cây
Arabidopsis đột biến khi sinh trưởng trong tối sẽ có hình dạng giống cây
sinh trưởng trong ánh sáng tuy có màu nhạt. Thể đột biến này là do sai lệch
trong nhân tố phiên mã âm dẫn tới ức chế sự hoạt hóa của các gen khác mà
bình thường chúng được hoạt hóa do ánh sáng. Khi các nhân tố âm bị triệt
tiêu do đột biến thì các gen bị ức chế sẽ trở nên hoạt động bình thường. Vì
vậy, các thể đột biến sinh trưởng giống như kiểu sinh trưởng trong ánh sáng
cho dù có màu nhạt.
b) Điều chỉnh sau dịch mã
Mặc dù sự tổng hợp các protein mới bởi sự phiên mã và dịch mã là rất
quan trọng đối với quá trình giải úa nhạt, song sự biến đổi sau dịch mã của
các protein sẵn có cũng không kém phần quan trọng. Đa số sự biến đổi của
các protein cần có là sự photphorin hóa. Nhiều chất thông tin thứ hai như là
GMP vòng và các thụ quan như là một số dạng thụ quan của phytocrom, có
tác dụng hoạt hóa trực tiếp các enzym kinaza. Bình thường, một enzym
kinaza sẽ bị photphorin hóa bởi một enzym khác và đến lượt mình nó lại
