vua quan nhà Thanh cũng như trong việc giao dịch thư từ, Ngô Thì Nhậm
vừa cương quyết, vừa linh hoạt, vừa nêu cao chủ quyền dân tộc, vừa giữ tình
hoà hiếu giữa hai nước. Ông đã góp phần ngăn chặn được cuộc tấn công trả
thù của nhà Thanh, không những thế còn miễn được lễ cống người vàng, đòi
được nốt những mường động ở Tây Bắc, đòi hoàng đế nhà Thanh phong
vương cho Quang Trung, củng cố lòng quý trọng của vua nhà Thanh đối với
vua ta.
Quang Trung mất, Ngô Thì Nhậm không còn được tin dùng như xưa,
những đề xuất của ông bị vua trẻ Quang Toản thiếu khả năng quyết đoán bỏ
qua. Ông quay về nghiên cứu Phật học. Thời kì này, Ngô Thì Nhậm đã viết
cuốn sách về Phật học nhan đề Trúc Lâm tôn chỉ nguyên thanh. Với tinh
thần hòa hợp đạo Phật và đạo Nho, Ngô Thì Nhậm đã trình bày những kiến
thức uyên bác bằng lí lẽ rất chặt chẽ của mình.
Năm 1802, Gia Long tiêu diệt nhà Tây Sơn. Ngô Thì Nhậm và một số
quan triều Lê đã theo Tây Sơn bị tướng nhà Nguyễn là Đặng Trần Thường
sai đánh bằng roi tại Văn Miếu. Trần Thường từng có ân oán với ông khi
trước, nên khi đánh Ngô Thì Nhậm, y cho người tẩm thuốc độc vào roi. Về
nhà, Ngô Thì Nhậm chết.
Người ta truyền tụng rằng, Ngô Thì Nhậm và Đặng Trần Thường vốn
quen biết nhau. Lúc Nhậm được Quang Trung trọng dụng thì Thường đến
nhờ tiến cử. Trông bộ dạng khúm núm của Thường mất cả phong thái của kẻ
sĩ Bắc Hà, Nhậm mỉa mai bảo: “Ở đây cần dùng người vừa có tài vừa có
hạnh, giúp vua trị nước. Còn muốn vào luồn ra cúi thì đi nơi khác.” Thường
hổ thẹn ra về, rồi vào Nam theo Nguyễn Ánh...
Trước khi đánh đòn thù, Đặng Trần Thường ra một vế đối cho Ngô Thì
Nhậm:
Ai công hầu, ai khanh tướng, vòng trần ai, ai dễ biết ai.
Ngô Thì Nhậm lập tức đối:
Thế Chiến Quốc, thế Xuân Thu, gặp thời thế, thế thời phải thế.
