Vua phong cho cho Tô Trung Từ làm Thái uý phụ chính, phong anh Thị
Dung là Trần Tự Khánh làm Chương Thành hầu.
Đầu năm 1211, vua lại sai người đi đón Trần Thị Dung. Lần này thì Trần
Tự Khánh đồng ý để bà về triều. Vua phong bà làm Nguyên phi, ngôi vị cao
thứ hai trong các cấp bậc phi tần của hậu cung.
Tuy loạn Quách Bốc bị dẹp nhưng nhiều nơi còn cát cứ chưa hàng phục
triều đình. Nhiều hào trưởng địa phương, tướng triều đình mang quân ly
khai. Họ Trần dẫn binh đi dẹp các sứ quân. Thấy người họ Trần, nhất là
Trần Tự Khánh ngày một lộng quyền, một mặt, vua ra lệnh các quan ủng hộ
họ Trần, mặt khác, vua vẫn ngầm liên minh các sứ quân khác để chống họ
Trần.
Trần Tự Khánh xung đột với các hào trưởng địa phương thân với nhà Lý
và có lần xung đột với quân của vua nên Trần Thị Dung bị thái hậu Đàm thị
là mẹ vua ghét. Vua nghe lời mẹ, phế truất ngôi phi của bà xuống thành ngự
nữ, là cấp bậc thấp nhất của phi tần.
Sau đó, các phe thân nhà Lý cũng như chính Lý Huệ Tông bị Trần Tự
Khánh đánh bại.
Đầu năm 1216, Huệ Tông lại lập bà làm Thuận Trinh phu nhân. Đàm
Thái hậu cho Trần Tự Khánh là kẻ phản trắc, thường chỉ Trần Thị Dung mà
nói là bè đảng của giặc, bảo vua đuổi bà đi, sau lại sai người bảo bà tự sát.
Vua biết bèn ngăn lại. Đàm thái hậu bỏ thuốc độc vào món ăn uống của
Trần Thị Dung. Mỗi bữa ăn, vua thường chia cho bà một nửa và không lúc
nào cho rời bên cạnh.
Tháng 4 năm 1216, các tướng ở Cảo Xã chống lại triều đình. Thế lực
của vua không thắng nổi, đành lại quay về nương nhờ anh em họ Trần như
trước. Đàm Thái hậu ngày ngày muốn giết Trần Thị Dung, sai người cầm
