Để cho công việc có hiệu lực, Đức Hộ Pháp hội chư thánh tổ chức cơ
cấu chánh trị đạo như sau : Hành chánh, Phước thiện, Tòa đọa Phổ tế.
Hành chánh thì thi hành các luật định của hội thánh về mặt phổ độ và
giáo hóa.
Phước thiện thì bảo tồn sanh chúng nuôi nấng những kẻ yếu tha già
thảy cô thế tật nguyền chia cơm sẻ áo cùng nhau, đó là cơ quan cứu khổ.
Tòa đạo thì lo giảng hóa, bênh vực những người cô thế, giữ gìn luật
pháp.
Phổ tế thì cứu vớt hoặc độ rỗi những người lạc bước thối tâm.
Nhờ sự tổ chức có quy luật mà đến cuối năm 1939, bộ đạo được tăng
lên gần 2 triệu người đủ mọi giới trong xã hội.
ĐẠO BỊ ĐÀN ÁP, TÒA THÁNH BỊ CHIẾM ĐÓNG
Vì sự phát triển của đạo Cao Đài quá mãnh liệt nhanh chóng khiến cho
nhà cầm quyền thuộc địa thời bấy giờ phải để ý, thêm vào đó còn có một số
người không ủng hộ nên họ chú giải những pháp luật của đạo như : Pháp
chánh Truyền, Tân Luật Đạo Nhị định, Hội Thánh, Hội Nhơn Sanh Tòa
Tam Giáo, Cữu viện… ra là : Thượng nghị viện và Hạ nghị viện, Cửu Bộ
Đài quan, Tòa án, Tòa bố… rồi vu cáo Đạo Cao Đài có âm mưu định bá đồ
vương, lập một nước nhỏ trong một nước lớn và chủ trương quân chủ lập
hiến.
Thế nên ngày 23 tháng 7 năm Canh Thìn (1940), quân đội Pháp vào
châu vi thánh địa, xét giấy tờ đạo hữu và đóng cửa Báo Ấn Từ (đền thờ tạm
đức thượng đế).
Ngày 25 tháng 5 Tân Tỵ (1941), chính phủ Pháp ra lịnh cấm nhơn
công tạo tác tòa thánh.
Ngày mùng 9 tháng 7 Tân Tỵ (1941) chủ quận cho một số đông cò bót
và lính vào châu vi tòa thánh xét giấy thuế thân bổn đạo và ra lịnh đuổi tất
cả về lục tỉnh.