Năm Mậu Ngọ (1858), quân Pháp đánh chiếm Đà Nẵng. Năm Kỷ Mùi (1859),
niên hiệu Tự Đức thứ 12, quân Pháp đem quân vào đánh chiếm thành Gia Định, san bằng
dinh lũy của Nam Triều. Chùa Sắc Tứ Từ Ân và chùa Quốc Ân Khải Tường nằm trong
vòng lửa đạn của chiến tranh. Trụ trì chùa Từ Ân lúc đó là Thiền sư Tiên Tín Chánh Trực
(huynh đệ của Hòa thượng Hải Tịnh) phải bỏ chùa chạy giặc, trong khi vội vàng, chỉ đem
giấu được một vài kỷ vật nhỏ của chùa. Sau này, khi xây dựng lại chùa Từ Ân ở Chợ Gạo
(Phú Lâm), chùa còn giữ được vài kỷ vật.
Chùa Giác Lâm và Giác Viên ở xa chiến trận nên không bị nguy hại gì. Năm sau
(1860), vua Tự Đức cử Nguyễn Tri Phương làm Thống đốc quân vụ, Phạm Thế Hiển làm
Tham tá quân vụ vào Gia Định hợp cùng Tôn Thất Hiệp lo chống lại quân Pháp. Quân
Pháp tấn công vào đồn Kỳ Hòa, sau khi đồn này thất thủ, chiến tranh Việt Pháp lan rộng
dần khắp Gia Định và các tỉnh Biên Hòa, Định Tường. Dân chúng ở Sài Gòn chạy tản cư,
chư Tăng ở chùa Giác Lâm và Giác Viên cũng bỏ chạy, chỉ còn Hòa thượng Hải Tịnh
(bảy mươi ba tuổi) và vài vị Sư già ở lại chùa.
Năm 1862, triều đình Huế phải ký hiệp ước nhượng cho Pháp ba tỉnh miền đông
Nam Kỳ. Năm 1867, quân Pháp đánh chiếm hết cả sáu tỉnh Nam Kỳ, Nam Kỳ trở thành
thuộc địa của Pháp.
Năm Kỷ Tỵ (1869), Hòa thượng Hải Tịnh đã tám mươi hai tuổi, biết rằng mình
không còn trụ thế bao lâu nữa nên sắp đặt việc thừa kế ở hai chùa Giác Lâm và Giác Viên
như sau:
- Đệ tử lớn là Thiền sư Minh Vi Mật Hạnh trụ trì chùa Giác Lâm, Thiền sư Minh
Lý Quảng An làm Tri khách và phụ giúp cho Sư huynh Mật Hạnh.
- Đệ tử nhỏ hơn là Thiền sư Minh Khiêm Hoằng Ân trụ trì chùa Giác Viên.
Năm Tân Mùi (1871), Hòa thượng Tiên Giác Hải Tịnh hợp cùng chư Hòa thượng
ở các tỉnh Nam Kỳ tổ chức Đại giới đàn tại chùa Tây An, ở núi Sam, Châu Đốc (An
Giang).
Năm Ất Hợi (1875), Hòa thượng Hải Tịnh lại tổ chức Giới đàn (đàn truyền giới) ở
chùa Thiên Ân (Gia Định), đệ tử của Hòa thượng Hải Tịnh là Minh Khiêm Hoằng Ân
được phong làm Giáo thọ.
Ngày mùng 8 tháng 11 năm Ất Hợi, năm Tự Đức thứ 29 (1875), Hòa thượng Tiên
Giác Hải Tịnh cho gọi các đệ tử về chùa Giác Lâm để phó chúc. Hòa thượng dạy các đệ tử
phải chăm lo tham học nghiên cứu kinh điển, trau dồi đạo đức phẩm hạnh, không nên ham
thích theo khoa Ứng phú dễ bị sa ngã, mà cần phải tu tập thiền định để giải thoát cảnh luân
hồi sanh tử. Đúng giờ Ngọ ngày hôm đó, Hòa thượng Tiên Giác Hải Tịnh an nhiên viên
tịch, thọ tám mươi tám tuổi.
Đồ chúng lập tháp thờ Hòa thượng Hải Tịnh ở khuôn viên chùa Giác Lâm.
Một Tăng sĩ (chưa rõ pháp danh) ca ngợi công đức của Hòa thượng Hải Tịnh
trong việc khai mở các trường Hương ở Nam Kỳ qua bài thơ sau:
“Cấm túc an cư theo giới thiền,
Trường Hương ba tháng mở đầu tiên.
Dắt dìu tăng chúng phăng nguồn đạo,
Gội đức từ bi HẢI TỊNH truyền.”
