Trong tất cả những phong trào tiếp tục cuộc chiến đấu sau khi vua Hàm
Nghi bị bắt, nổi bật rõ ràng nhất là phong trào Yên Thế, bắt đầu năm 1885;
trong vùng núi non này ở bên rìa châu thổ sông Hồng, nông đần vốn đã nổi
dậy chống lại bọn thực dân đã tước mất ruộng đất của họ. Những người
khởi nghĩa đến từ vùng châu thổ đã gia nhập hàng ngũ những nông dân nổi
dậy này và vị thủ lĩnh của phong trào là Hoàng Hoa Thám(Đề Thám) đã
biết cách thúc đẩy mạnh mẽ phong trào, bằng một cuộc chiến tranh du kích
kéo dài, được lãnh đạo một cách rất tài tình. Lực lượng quân chính quy của
ông chỉ có mấy trăm chiến sĩ, nhưng lực lượng chủ yếu lại là những nông
dân vừa sản xuất vừa tham gia chiến đấu khi cần.
Từ căn cứ Yên Thế, phong trào mở rộng phạm vi hoạt động đến các tỉnh
Bắc Giang, Bắc Ninh, Thái Nguyên, Lạng Sơn. Nhiều cuộc hành quân của
Pháp đánh vào Yên Thế đã bị thất bại. Frey, một sĩ quan Pháp, viết:
“Người ta không thể tự giải thích được làm sao những con người đó tập
hợp trong một khoảng không gian chật hẹp, bị ngập chìm dưới hỏa lực của
bốn khẩu pháo bắn ở cự ly 300m mà lại có thể cầm cự được lâu đến thế...
Nếu kẻ địch mà quân đội ta đang chiến đấu chống lại không có sự cuồng
tín của dân vùng Kabyle hay những du kích ở đất Saudan, thì họ lại có đầu
óc thông minh sắc sảo hơn, có khả năng tuyệt vời tiếp thu cách sử dụng
những phương tiện hoạt động, những phương thức chiến thuật của chúng
ta. Họ tỏ ra có nghệ thuật cao hơn trong việc lựa chọn các vị trí chiến đấu,
trong cách xây dựng công sự, đồng thời vẫn không kém những con người ở
Kabyle hay ở Soudan trong thái độ điềm nhiên, bình thản trước cái chết ...
Loạn quân có được những người chỉ huy đích đáng... Họ đợi cho đến lúc
các đầu nòng súng chạm vào nhau, hơi thở của quân hai bên hầu như trộn
lẫn vào nhau mới nổ súng bắn hạ hàng loạt kẻ địch”.
Năm 1894, người Pháp đề nghị một cuộc đình chiến, nhượng cho Đề
Thám quyền cai trị bốn tổng. Năm 1895, họ phá vỡ đình chiến, bất thình
lình tiến công Yên Thế, nhưng Đề Thám luôn luôn đề phòng, lực lượng của
ông ta được phân tán tiến hành một cuộc chiến tranh du kích làm cho quân
đội Pháp bị trày vi tróc vảy. Năm 1897, Pháp lại thương lượng một cuộc
