Sau khi bố trí lực lượng trên đường rút lui của địch về Trung Quốc, Trần
Hưng Đạo tiến công trực diện vào quân đội Mông Cổ. Chúng rút lui và rơi
vào một loạt ổ phục kích chết người. Thoát Hoan, tổng tư lệnh Mông Cổ,
trốn thoát bằng cách chui vào một cái ống đồng. Tháng 8-1285, toàn bộ đất
nước được giải phóng, đội quân Mông Cổ gồm nửa triệu người đã bị đánh
bại.
Hốt Tất Liệt phải từ bỏ kế hoạch xâm lược Nhật Bản để chuẩn bị một đội
quân viễn chinh trả thù Đại Việt. Các vương hầu nhà Trần tìm cách tuyển
thêm quân. Trần Hưng Đạo trả lời họ: ''Quân cốt tinh, không cốt nhiều''.
Thấy vua lo lắng, ông nói: ''Quân đội chúng ta nay thiện chiến hơn. Quân
địch đã bị thua, không còn tinh thần. Năm nay đánh giặc dễ hơn''.
Cuối năm 1287, Thoát Hoan lại vượt biên giới với 300.000 quân và một
đạo thủy quân 500 chiến thuyền tiến về các bờ biển Đại Việt Vua Trần lại
rút khỏi kinh đô. Tướng Mông Cổ là Ô Mã Nhi sai nhắn tin cho vua Trần:
''Nếu mi chạy lên trời, ta sẽ theo lên trời, ta sẽ theo mi đến tận đáy biển, đến
tận rừng sâu nếu cần!''. Nhưng quân Mông Cổ tha hồ chiếm cứ đất đai,
nhân dân làm vườn không nhà trống. Biên niên sử nhà Nguyên(triều đại
Mông Cổ) viết: ''Nhân dân Giao Chỉ(Đại Việt) cất giấu thóc gạo và trốn đi''.
Quân Mông Cổ không có lương thực. Thoát Hoan ra lệnh đốt cháy kinh
thành rồi rút lên phía bắc sông Hồng. Trong tất cả các cuộc di chuyển ấy,
quân Mông Cổ luôn luôn bị quân và dân nhà Trần tiến công quấy rối.
Ở Vân Đồn, trên bờ biển(gần Hòn Gai ngày nay) hướng Trần Khánh Dư
theo dõi các đoàn thuyền vận tải lương thực của quân Mông Cổ. Ông bất
ngờ chặn đánh và tiêu diệt hạm đội Mông Cổ, chiếm lấy quân lương. Tin
này làm quân địch hoang mang cực độ. Quân Mông Cổ bắt đầu cướp bóc
dân chúng và bị dân chúng chống lại kịch liệt. Các tướng nói với Thoát
Hoan: ''Chúng ta không còn thành để giữ, không còn lương đế ăn, các nơi
hiểm yếu đã bị mất, mùa hạ sắp đến, mang theo bệnh tật. Tốt nhất là ta nên
rút''. Quân Mông Cổ rút bằng đường bộ về phía Lạng Sơn và xuôi sông
Bạch Đằng để ra biển.
