Clark phải rời khỏi chức vụ 4 tháng trước thời hạn đã không tránh khỏi trở
thành một vết đen trong cuộc đời quân sự của ông.
Dư luận nước Mỹ và Tây Âu đều cho rằng nguyên nhân chính dẫn đến
việc Clark bị bãi chức sớm là do trong chiến tranh Kossovo, quan hệ giữa
ông và Bộ trưởng Bộ Quốc phòng cũng như chính phủ Mỹ luôn hết sức
căng thẳng. Theo báo chí Mỹ, từ sau khi nhậm chức tư lệnh tối cao liên
quân châu Âu khối NATO, Clark luôn bất đồng ý kiến với Bộ trưởng Bộ
Quốc phòng Mỹ Cowen trong việc xử lý vấn đề Kossovo, giữa hai nhân vật
này luôn tồn tại sự bất hoà, thậm chí nó đã được công khai hoá trong thời
kỳ chiến tranh Kossovo. Vào tháng trước khi NATO phát động cuộc không
kích Kossovo, trong khi các nỗ lực ngoại giao nhằm tìm kiếm các biện pháp
chính trị để giải quyết vấn đề Kossovo một cách hoà bình vẫn còn đang
được tiến hành, thì Clark đã ra sức chủ trương dùng hành động quân sự đối
với Liên bang Nam Tư để buộc Nam Tư phải thoả hiệp.
Sau khi cuộc chiến Kossovo bùng nổ, Clark đã ngay lập tức đưa ra kế
hoạch tiến hành cuộc oanh kích quy mô lớn và toàn diện đối với Nam Tư,
nhưng do bản kế hoạch này bất đồng với bản kế hoạch do chính phủ Mỹ và
các nước trong khối NATO cùng nhau bàn bạc, thống nhất nên đã không
được thực hiện. Vì điều này mà tư lệnh tối cao liên quân châu Âu NATO,
tướng Clark, hết sức phẫn nộ, thậm chí công khai oán trách. Đối với vấn đề
có cần thiết phải tiến hành cuộc chiến mặt đất hay không, nước Mỹ vì muốn
tránh sự hy sinh của quân Mỹ nên một mực cho rằng: Chỉ cần không kích
thôi cũng đã có thể đạt được mục đích rồi, không cần thiết phải tiến hành
tiến công trên mặt đất nữa. Tuy nhiên, Clark lại không cho là như vậy, ông
một mực cho rằng không kích khó có thể đem lại hiệu quả, cần phải chuẩn
bị sẵn sàng phát động cuộc tiến công trên mặt đất. Vì vậy, ông đã ngầm lên
kế hoạch hành động cho tác chiến mặt đất Kossovo.
Nhằm chuẩn bị tốt cho trận chiến trên mặt đất, Clark đã khẩn cầu Bộ
trưởng Bộ Quốc phòng Cowen bố trí 24 chiếc trực thăng Apachi tại
Albania, nhưng Cowen đã từ chối yêu cầu của Clark đưa "Apachi" vào cuộc
chiến. Ngoài ra, còn một nguyên nhân nữa dẫn đến sự mất chức của Clark
