Tổ đã lui về Nghĩa Châu để kháng cự, mặt khác sai sứ giả đến cầu viện nhà
Minh - Trung Quốc.
Tháng 1 năm 1593, hoàng đế nhà Minh đã phái tổng binh Lý Như Tùng
dẫn hơn 4 vạn quân sang trợ giúp Triều Tiên đánh Nhật. Tháng 2, dưới sự
trợ giúp của quân đội Trung Quốc, quân và dân Triều Tiên đã thu phục lại
được Bình Nhưỡng và Khai Thành, rồi tiếp tục vây khốn quân Nhật ở
Seuol. Tháng 5, quân Nhật bị đánh bại, buộc phải rút về phòng thủ tại hai
thành phố ven biển là Toàn La và Khánh Thượng, đồng thời phái sứ thần
đến xin nghị hòa với mưu đồ nhân cơ hội này tập hợp và củng cố sức mạnh
để phản công trở lại.
Tháng 8 năm 1593, Nhật Bản đòi Triều Tiên phải cắt 9 tỉnh ở Nam bộ
cho Nhật Bản, nhưng đòi hỏi phi lý này đã bị phía Triều Tiên bác bỏ. Đầu
năm 1597, cuộc đàm phán tan vỡ, bắt đầu từ tháng 2, Toyotoma mở rộng
thủy quân lên tới 14 vạn và hàng trăm chiến thuyền tiến quân về Triều Tiên.
Quân Nhật liên tục công chiến Khánh Thượng, Toàn La và Trung Thanh.
Vương triều nhà Lý đã trúng kế ly gián của quân Nhật nên đã bãi chức
thống đốc thủy quân của Lý Thuấn Thần và cho viên tướng bất tài là
Nguyên Điếu lên thay, điều này đã khiến cho thủy quân Triều Tiên bị tan
tác.
Sau này, dưới sự thúc ép của triều thần, Lý Thuấn Thần lại được trọng
dụng. Ông đã xây dựng lại thủy quân trên cơ sở 12 chiến thuyền và 130
thủy binh còn sót lại. Vào tháng 10, thủy quân của ông đã đánh chìm hơn
30 chiến thuyền và tiêu diệt hơn 4.000 thủy binh Nhật tại vùng biển
Minliang. Theo đề nghị cứu viện của Triều Tiên, Trung Quốc lại một lần
nữa xuất quân trợ giúp. Liên quân Triều - Trung đã đánh tan quân Nhật tại
Tắc Sơn và Thanh Sơn, truy kích đến tận Úy Sơn, Tù Sơn, Thuận Thiên.
Tháng 8 năm 1598, Toyotoma Hideyoshi lâm bệnh nặng qua đời, đã để
lại di chúc ra lệnh rút quân. Tháng 10, liên quân Triều - Trung đã tiến đánh
Úy Sơn và Thuận Thiên. Tháng 12, quân Nhật ở Thuận Thiên nhiều lần đột
phá vòng vây nhưng bất thành bèn cầu viện quân Nhật ở Tù Sơn. Liên quân
