Trước những tiết lộ này, FBI vẫn quyết định trả tự do cho Mohamed với
mục đích sử dụng anh ta làm gián điệp cho mình. Một luật sư tham gia vụ
án bình luận: "Chính quyền khi đó đã rất mừng vì cho rằng đã tìm được
người có thể cung cấp thông tin quan trọng về Bin Laden. Tuy nhiên, họ
không biết cách kiểm soát anh ta". Tất nhiên là Mohamed đã không kể cho
FBI tất cả. Ví dụ như anh ta đã nín thinh về việc đã giúp Bin Laden đến
được Sudan vào năm 1991 hay đã vài lần huấn luyện các thành viên của Al
Qaeda. Anh ta cũng không nói gì về hoạt động của mình tại trung tâm ở
Brooklyn. Điều quan trọng nhất mà Mohamed đã giấu kín là Bin Laden đã
đề nghị anh ta điều tra về các đại sứ quán nước ngoài tại Nairobi (Kenya).
Trong một lần gặp gỡ, Osama đã trao cho Mohamed tấm ảnh chụp mặt tiền
Sứ quán Mỹ và giải thích có thể tấn công bằng một chiếc xe tải chở đầy
thuốc nổ. Ngày 7-8-1998, những vụ khủng bố tại Kyena và Tanzania đã
diễn ra. Tháng 9 năm đó, FBI yêu cầu Ali Mohamed ra làm chứng tại một
phiên tòa lớn và sau đó bắt giữ anh ta khi đã khẳng định được chắc chắn
"điệp viên" của mình có tham gia tổ chức khủng bố. Tháng 5-1999, Chính
phủ Mỹ chính thức buộc tội cựu Trung sĩ Mohamed về việc tổ chức âm
mưu khủng bố. Tháng 10-2000, Mohamed đã thú nhận và nói sẵn sàng làm
chứng chống lại 4 phần tử Hồi giáo bị buộc tội khủng bố tại Kenya và
Tanzania để đổi lấy việc được giảm án. Tuy nhiên, trong phiên tòa kéo dài
suốt 6 tháng này, Mohamed không thấy xuất hiện. Nhân vật đã đóng vai trò
quan trọng trong hoạt động khủng bố của Al Qaeda đang chờ đợi một bản
án tại nhà tù Manhattan. Chính phủ Mỹ cũng từ chối tiết lộ hình phạt nào sẽ
dành cho công dân Mỹ gốc Ai Cập đã xỏ mũi cả CIA lẫn FBI này.
