Đảng xông xáo, có năng lực, có triển vọng, đưa về làm ở một nhóm cán bộ
thanh tra của Trung ương Đảng để bồi dưỡng và đưa lên tiếp. Thời gian
này, Bakatin tranh thủ tốt nghiệp Viện hàn lâm Khoa học Xã hội của Trung
ương Đảng (AON).
Tháng 3/1985, Bakatin được Trung ương cử làm Bí thư Tỉnh ủy Kirov,
hai năm sau trở về quê hương làm Bí thư Tỉnh ủy Kemerovo. Những vấn đề
của vùng mỏ Kuzbas đến cuối những năm 80 trở nên gay gắt. Vốn hiểu biết
rất rõ các mặt của đời sống tỉnh nhà, và nắm được chiều hướng mới,
Bakatin có kế hoạch đổi mới phương thức hoạt động của vùng than. Nhưng
giữa năm 1988 thì Bakatin lại bị lấy về Matxcơva. Sang năm 1989 thì nổ ra
cuộc đình công gây tai tiếng của công nhân mỏ Kemerovo, đáng lẽ ảnh
hưởng xấu đối với Bakatin, nhưng lúc đó ông đã không còn là Bí thư Tỉnh
ủy nữa, mà đang là Bộ trưởng Bộ Nội vụ Liên Xô.
Thời gian này, thêm vào việc đấu tranh chống tội phạm, Bộ Nội vụ còn
phải đối phó với các cuộc xung đột sắc tộc và các cuộc biểu tình gây rối nổ
ra khi thì ở nơi này, khi thì ở nơi khác của đất nước. Thấy rằng đội ngũ
công an nghèo túng và biến chất khó lòng đấu tranh nổi với tình trạng tội
phạm mới và những cuộc biểu tình của quần chúng, Bakatin đã lập ra các
đơn vị cảnh sát đặc nhiệm (gọi tắt tiếng Nga là OMON). OMON là lực
lượng chuyên nghiệp được đào tạo để đấu tranh chống tội phạm có tổ chức
và để giải tán các đám biểu tình của quần chúng và dẹp loạn. Đó như thể là
lực lượng cảnh sát trong cảnh sát.
Bakatin không ủng hộ và cũng không được lòng phái bảo thủ trong ban
lãnh đạo. Do đó họ thường xuyên gây sức ép với Gorbachov để thay
Bakatin. Trước ngày lễ cách mạng tháng Mười năm 1990, Gorbachov yêu
cầu Bakatin cấm tổ chức cuộc tuần hành song song của các lực lượng dân
chủ tại Quảng trường Đỏ. Nhưng Bakatin không chịu, làm cho Gorbachov
rất tức bực. Cuối tháng 11 Gorbachov gọi Bakatin đến báo cho biết là đã
quyết định cho Bakatin thôi chức Bộ trưởng Nội vụ. Ngày 3/12, Bakatin
đến Bộ Nội vụ lần cuối, sắp xếp đồ đạc và chia tay mọi người. Thủ tướng
Ryjkov dẫn Bộ trưởng mới là Pugo - nguyên Chủ tịch KGB Latvia - đến
giới thiệu.
