Thế nhưng kỹ thuật gene cũng có nhược điểm của nó. Thậm chí dù bản
thân phân tử β -carotene hiện diện trong nhiều loại cây, những lời chỉ trích
nhằm vào kỹ thuật sinh học đặt ra câu hỏi liệu có an toàn không khi cấy
phân tử này vào những nơi nó vốn không hiện diện. Liệu các phân tử được
cấy vào có phản ứng với các hợp chất khác sẵn có? Liệu có khả năng chúng
sẽ trở thành các chất gây kích ứng cho một số người? Sẽ có những ảnh
hưởng dài hạn nào khi con người can thiệp quá mức vào tự nhiên? Ngoài
những câu hỏi về hóa học và sinh học, còn những vấn đề khác được đặt ra
liên quan đến kỹ thuật gene, ví dụ như động cơ lợi nhuận đằng sau những
nghiên cứu, khả năng đánh mất sự đa dạng sinh học của các loại ngũ cốc,
vấn đề toàn cầu hóa trong nông nghiệp. Với tất cả những lý do nêu trên và
những bất trắc, chúng ta cần hành động hết sức cẩn thận, cho dù việc buộc
thiên nhiên sản xuất ra những phân tử tại một nơi nhất định và theo cách
chúng ta mong muốn dường như là một việc rất hữu dụng. Chỉ là, với
những phân tử như PCB hay DDT, các hợp chất hóa học có thể đồng thời là
một sự ban phước và một lời nguyền, và không phải lúc nào chúng ta cũng
biết rõ điều đó tại thời điểm phát minh ra một hóa chất mới. Rất có thể
những biến đổi do con người tạo ra trên những hợp chất phức tạp kiểm soát
sự sống cuối cùng sẽ là những đóng góp quan trọng trong việc phát triển
các giống cây trồng tốt hơn, giảm việc sử dụng các loại thuốc trừ sâu, và
xóa bỏ các bệnh tật. Hoặc có thể sự can thiệp của con người sẽ dẫn đến
những vấn đề không thể ngờ tới, và trong kịch bản tồi tệ nhất, có thể đe dọa
chính cuộc sống của con người.
Trong tương lai, nếu con người nhìn lại nền văn minh nhân loại, phân tử
nào sẽ được xem là có ảnh hưởng lớn nhất trong thế kỷ 21? Liệu đó có phải
là những phân tử diệt cỏ tự nhiên được đưa vào các loại cây trồng biến đổi
gene, và vô tình diệt luôn hàng trăm loài thực vật khác? Hay sẽ là các phân
tử dược phẩm có thể tăng cường tình trạng sức khỏe cơ thể và tinh thần của
con người? Hoặc giả chúng là những biến thể mới của các loại ma túy liên
quan đến khủng bố và tội phạm có tổ chức? Liệu có phải chúng là những
hóa chất độc hại làm ô nhiễm môi trường? Hay các phân tử mở ra một con
