Phong trào kháng chiến Al-Aqsa Intifada mau chóng phát triển thành
một cuộc kháng chiến gần giống với cuộc kháng chiến vũ trang cũ, với các
ổ phục kích và bắn tỉa trong các khu bị chiếm đóng, và các vụ gài bom tự
sát chống lại các thường dân tại Israel. Lái xe ban đêm trên các con đường
tại Bờ Tây và Dải Gaza gần như không thể nào được. Các khu định cư cô
lập tại Dải Gaza đã trở thành mục tiêu tấn công thường xuyên của quân
Palestine. Thường xuyên có các vụ bắn trả lẫn nhau bằng súng máy, súng
cối và xe tăng qua thung lũng giữa Gilo, một khu vực rộng của người Do
Thái trong phần phía đông Jerusalem bị sát nhập, và Beit Jala, một làng của
người Kito giáo ở ngoài Bethlehem.
Israel đã đáp trả bằng đủ loại biện pháp, từ dựng các rào chắn bảo vệ
tại các con đường có nguy hiểm bị tấn công đặc biệt, cho tới việc trừng trị
tập thể những người Palestine, như "đóng cửa" hạn chế di chuyển vào và ra
thành phố của họ. Hàng ngàn cây bị nhổ tung gốc kể cả cây ôliu, biểu tượng
của hoà bình. Israel đã sử dụng hỏa lực vượt trội của họ để chặn đứng
những người bắn vào các mục tiêu Do Thái, và đã trả đũa bằng việc nã rốc
két vào các toà nhà có dính líu với các lực lượng an ninh Palestine-là chính
lực lượng mà Israel đòi hỏi phải có hành động chống lại "bọn khủng bố".
Tính đến cuối năm 2001, chính sách "tiêu diệt có chọn lọc" của Israel-người
Palestine gọi là "ám sát"-đã lấy đi sinh mạng của hơn 40 người bị gọi là các
phần tử khủng bố và các trùm khủng bố, và khoảng một chục thường dân.
Tháng Mười Một 2000, một viên chức của tể chức Ân xá Quốc tế
thẳng thừng cảnh cáo Israel: "Có một hình thức vi phạm nhân quyền thô
bạo có thể bị khép vào tội phạm chiến tranh". Nhóm Quan sát Nhân quyền
có trụ sở tại Nữu ước quy lỗi chủ yếu cho Israel vì những lạm dụng của họ
trong việc "sử dụng sức mạnh không cần thiết chống lại những người biểu
tình không có vũ khí, những cuộc giết người phi pháp, những cuộc bắn trả
bừa bãi và quá mức cần thiết chống lại các cuộc tấn công của Palestine, và
