Bố cục của bộ sử như sau:
Quyển thủ: gồm các Lời tựa của Lê Hy, Phạm Công Trứ, Ngô Sĩ
Liên, Biểu dâng sách của Ngô Sĩ Liên, Phạm lệ, Kỷ niên mục lục và
bài Việt giám thông khảo tổng luận của Lê Trung.
Ngoại kỷ: gồm 5 quyển, từ họ Hồng Bàng đến các Sứ quân.
Quyển 1: kỷ họ Hồng Bàng, kỷ họ Thục
Quyển 2: kỷ họ Triệu
Quyển 3: kỷ thuộc Tây Hán, kỷ Trưng Nữ Vương, kỷ thuộc Đông
Hán, kỷ Sĩ Vương
Quyển 4: kỷ thuộc Ngô-Tấn-Tống-Tề-Lương, kỷ tiền Lý kỷ Triệu
Việt vương, kỷ Hậu lý
Quyển 5: kỷ thuộc Tùy - Đường, ký họ Ngô
Bản kỷ: gồm 19 quyển, từ triều đình đến năm 1675.
Quyển 1: kỷ nhà Đinh, kỷ nhà Lê
Quyển 2: kỷ nhà Lý: Thái Tổ, Thái Tông
Quyển 3: Thánh Tông, Nhân Tông
Quyển 4: Anh Tông, Cao Tông, Huệ Tông, Chiêu Hoàng
Quyền 5: kỷ nhà Trần, Thái Tông, Thánh Tông, Nhân Tông
Quyển 6: Anh Tông, Minh Tông
Quyển 7: Hiến Tông, Dụ Tông, Nghệ Tông, Duệ Tông
Quyển 8: Phế Đế, Thuận Tông, Thiếu Đế, Hồ Quý Ly, Hồ Hán
Thương
Quyển 9: kỷ Hậu Trần, kỷ thuộc Minh
Quyển 10: kỷ Lê Hoàng Triều: Thái Tổ
Quyển 11: Thái Tông, Nhân Tông
Quyển 12: Thánh Tông (thượng)
Quyển 13: Thánh Tông (hạ)
