Thời kỳ sự nghiệp nổi bật nhất của Morris là giai đoạn ông làm Giám sát
Tài chính cho Hợp bang (1781-1784). Quốc hội Hợp bang nhận thấy tình
trạng nguy hiểm của nền tài chính quốc gia và tầm quan trọng của vấn đề
này đã ban cho ông quyền lực tối cao và chấp thuận điều kiện cho phép các
hãng buôn tư nhân của ông tiếp tục cung cấp lương thực và vũ khí cho quân
đội. Ông cắt giảm chi tiêu cho quân sự và cho chính quyền, giảm việc mua
sắm vũ khí cá nhân và tiếp tế cho hải quân, thắt chặt khâu chi tiêu, buộc các
bang phải thực hiện nghĩa vụ đóng góp tiền bạc và lương thực. Khi cần
thiết, ông cũng sử dụng danh tiếng cá nhân, bằng cách ban hành tiền giấy có
chữ ký của ông, hoặc vay mượn bạn bè.
Ðể tài trợ cho chiến dịch Yorktown của Washington năm 1781, ngoài những
công việc trên, Morris đã vay được một khoản tiền của Pháp. Ông sử dụng
một phần số tiền này, cùng với tiền của riêng ông để lập ra Ngân hàng Bắc
Mỹ, có hiệu lực từ tháng Mười hai năm đó. Ðây là ngân hàng đầu tiên có sự
hợp tác của chính quyền Mỹ và đã đóng góp tài chính rất lớn cho cuộc
chiến tranh.
Mặc dù Morris được tái cử vào Nghị viện Pennsylvania trong giai đoạn
1785-1786, song công việc đầu tư cá nhân chiếm phần lớn thời gian của
ông. Một năm sau, ông tham gia Hội nghị Annapolis và năm sau nữa tham
gia Hội nghị Lập hiến. Tại Hội nghị này, ông thông cảm với Đảng Liên
bang, nhưng đã im lặng một cách đáng ngạc nhiên. Mặc dù tham dự tất cả
các cuộc họp, ông chỉ phát biểu hai lần trong các cuộc tranh luận và không
tham gia bất cứ ủy ban nào. Năm 1789, ông từ chối sự bổ nhiệm làm Bộ
trưởng Tài chính đầu tiên của Washington, để giữ một ghế trong Thượng
viện Liên bang (1789-1795).
Trong những năm tiếp theo, Morris rất liều lĩnh vay nợ để đầu cơ đất ở
miền Tây và ngay tại thủ đô Washington, DC. Ngoài ra, năm 1794, ông bắt
đầu xây dựng trên phố Chestnut ở Philadelphia một tòa lâu đài do Pierre
Charles L'Enfant thiết kế. Sau đó, Morris tìm cách trốn khỏi các chủ nợ,
